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- PDB-4anj: MYOSIN VI (MDinsert2-GFP fusion) PRE-POWERSTROKE STATE (MG.ADP.AlF4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4anj
タイトルMYOSIN VI (MDinsert2-GFP fusion) PRE-POWERSTROKE STATE (MG.ADP.AlF4)
要素
  • CALMODULIN
  • UNCONVENTIONAL MYOSIN-VI, GREEN FLUORESCENT PROTEIN
キーワードMOTOR PROTEIN/METAL-BINDNG PROTEIN / MOTOR PROTEIN-METAL-BINDNG PROTEIN COMPLEX / MOLECULAR MOTOR / METAL-BINDING PROTEIN / TRANSITION STATE / PRE-POWERSTROKE STATE / GFP FUSION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / regulation of secretion / kinetochore organization / autophagic cell death / G protein-coupled opsin signaling pathway / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / myosin V binding / channel regulator activity / cellular response to ethanol / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / filamentous actin / centriole replication / cytoskeletal motor activity / microvillus / enzyme regulator activity / ruffle / centriole / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / bioluminescence / actin filament organization / generation of precursor metabolites and energy / filopodium / actin filament / intracellular protein transport / sensory perception of sound / ADP binding / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ruffle membrane / endocytosis / actin filament binding / mitotic spindle / sensory perception of smell / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / midbody / cell cortex / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / centrosome / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4820 / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4820 / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / Kinesin / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Kinesin motor domain superfamily / : / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / Green fluorescent protein / Calmodulin / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Menetrey, J. / Isabet, T. / Ropars, V. / Mukherjea, M. / Pylypenko, O. / Liu, X. / Perez, J. / Vachette, P. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Processive Steps in the Reverse Direction Require Uncoupling of the Lead Head Lever Arm of Myosin Vi.
著者: Menetrey, J. / Isabet, T. / Ropars, V. / Mukherjea, M. / Pylypenko, O. / Liu, X. / Perez, J. / Vachette, P. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.M.
履歴
登録2012年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references / Other
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年9月11日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AH" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AH" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNCONVENTIONAL MYOSIN-VI, GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,6328
ポリマ－136,9572
非ポリマー6756
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-88.8 kcal/mol
Surface area49130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.093, 62.657, 156.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

21A-2003-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UNCONVENTIONAL MYOSIN-VI, GREEN FLUORESCENT PROTEIN / UNCONVENTIONAL MYOSIN-6


分子量: 120131.617 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN-6 RESIDUES 1-817, GFP RESIDUES 2-238 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERIC PROTEIN, MYOSIN-6 RESIDUES 1-816 (AUTHOR NUMBERING) AND COMPLETE GFP (AFTER INITIATION METHIONINE REMOVAL)
由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ), (組換発現) AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q29122, UniProt: P42212
#2: タンパク質 CALMODULIN / CAM


分子量: 16825.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62152

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非ポリマー , 5種, 97分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細GFP FUSED TO MYOSIN VI, THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI ...GFP FUSED TO MYOSIN VI, THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY INCORRECT BECAUSE THE CHANGES THAT ARE IN THEIR CLONE (LYS DELETION AND THE 6 MUTATIONS) ARE CONSERVED ACROSS THE MYOSIN VI FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 5% PEG 8000, 50 MM MES PH 5.5, 100 MM NH4SO4, 20 MM MGCL2, 20 MM NACL AND 3 % PROPAN-2-OL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.8 Å / Num. obs: 51178 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.6→48.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2V26, 3DQA

2v26

3dqa


解像度: 2.6→137.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 11.08 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS SIDE-CHAINS. THAT HAVE NO DEFINED ELECTRON DENSITY WERE OMITTED FROM THE MODEL. REGIONS 35-38, 175-177, 355-361, 395-407 AND 623-638, FROM ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS SIDE-CHAINS. THAT HAVE NO DEFINED ELECTRON DENSITY WERE OMITTED FROM THE MODEL. REGIONS 35-38, 175-177, 355-361, 395-407 AND 623-638, FROM THE MYOSIN VI (CHAIN A) AND REGIONS 27-30, 76- 79 AND 111- 116 FROM THE CALMODULIN (CHAIN B) HAVE NO DEFINED ELECTRON DENSITY AND WERE OMITTED FROM THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28754 2595 5.1 %RANDOM
Rwork0.23874 ---
obs0.24126 48581 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å2-0.66 Å2
2--1.98 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→137.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8718 0 36 91 8845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0381.95912071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.98351111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69524.418421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.262151465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8921545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.24029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.26155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0540.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3230.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3261.55720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58528874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72133602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2014.53197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 176 -
Rwork0.298 3547 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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