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万見
- PDB-4cln: STRUCTURE OF A RECOMBINANT CALMODULIN FROM DROSOPHILA MELANOGASTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cln
タイトルSTRUCTURE OF A RECOMBINANT CALMODULIN FROM DROSOPHILA MELANOGASTER REFINED AT 2.2-ANGSTROMS RESOLUTION
要素CALMODULIN
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / kinetochore organization / autophagic cell death / G protein-coupled opsin signaling pathway / actin filament-based movement / myosin V binding / channel regulator activity / cellular response to ethanol / muscle cell cellular homeostasis / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / centriole replication / enzyme regulator activity / centriole / sensory perception of sound / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic spindle / sensory perception of smell / midbody / cell cortex / centrosome / calcium ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Taylor, D.A. / Sack, J.S. / Maune, J.F. / Beckingham, K. / Quiocho, F.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Structure of a recombinant calmodulin from Drosophila melanogaster refined at 2.2-A resolution.
著者: Taylor, D.A. / Sack, J.S. / Maune, J.F. / Beckingham, K. / Quiocho, F.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure and Sequence of the Drosophila Melanogaster Calmodulin Gene
著者: Smith, V.L. / Doyle, K.E. / Maune, J.F. / Munjaal, R.P. / Beckingham, K.
履歴
登録1991年6月24日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8555
ポリマ－16,6941
非ポリマー1604
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.570, 53.920, 24.780
Angle α, β, γ (deg.)93.24, 97.08, 88.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN


分子量: 16694.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P62152
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: initial seeding crystal
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 %(v/v)MPD1reservoir
215 %(v/v)ethanol1reservior
35 mMcalcium chloride1reservoir
420 mMsodium acetate1reservoir
55.3 mg/mlprotein1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 6831 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 10617 / Rmerge F obs: 0.068

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.197 5239
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1164 0 4 78 1246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0670.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.4652
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.243
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.4442
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.1853
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2240.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2560.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.4280.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.370.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor26.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor31.420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'X-PLOR, PROLSQ' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 5239 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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