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- PDB-6xs3: X-ray structure of the monoclinic crystal form at 2.48 A resoluti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xs3
タイトルX-ray structure of the monoclinic crystal form at 2.48 A resolution of lipase from Thermomyces (Humicola) lanuginosa at 298 K
要素Lipase
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / substrate complex / diacylglycerol / covalent intermediate / interfacial activation
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / : / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LTV / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / PHOSPHATE ION / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Current Enzyme Inhibition / 年: 2020
タイトル: The crystal Structures of Thermomyces (Humicola) lanuginosa lipase in complex with enzymatic reactants
著者: McPherson, A. / Larson, S.B. / Kalasky, A.
履歴
登録2020年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
E: Lipase
D: Lipase
F: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,34637
ポリマ－191,0196
非ポリマー7,32731
水7,710428
1
A: Lipase
D: Lipase
F: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,08517
ポリマ－95,5093
非ポリマー3,57614
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
2
B: Lipase
C: Lipase
E: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,26120
ポリマ－95,5093
非ポリマー3,75117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.185, 91.366, 124.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCEDF

#1: タンパク質
Lipase / Triacylglycerol lipase


分子量: 31836.459 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 遺伝子: LIP / 発現宿主: Aspergillus aculeatinus (カビ) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 453分子

#2: 化合物
ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-LTV / 2-hydroxy-3-(octadecanoyloxy)propyl pentacosanoate


分子量: 723.204 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H90O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 % / 解説: cube shaped blocks
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CXrystals were grown by sitting drop in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs of 20% PEG 3350 in 0.1M MES buffer. The drops were 6 ul composed of equal amounts of protein at 30 mg/ml in ...詳細: CXrystals were grown by sitting drop in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs of 20% PEG 3350 in 0.1M MES buffer. The drops were 6 ul composed of equal amounts of protein at 30 mg/ml in water with the reservoir solution. Temperature was 298 K and crystals appeared after about two weeks
PH範囲: 6.0 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月20日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→75 Å / Num. obs: 81074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.327 / Rsym value: 0.287 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.48→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4362 / CC1/2: 0.18 / Rpim(I) all: 0.62 / Rrim(I) all: 1.3 / Rsym value: 1.01 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EA6

4ea6


解像度: 2.48→51.27 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Structure was refined to convergence with REFMAC5 in CCP4, then five runs through PHENIX REFINE using isotropic B values and no TLS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 3025 4.91 %
Rwork0.1783 58636 -
obs0.1801 61661 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164 Å2 / Biso mean: 36.1154 Å2 / Biso min: 9.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→51.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12425 0 508 430 13363
Biso mean--72.84 32.57 -
残基数----1614
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.48-2.520.3481310.3142533266494
2.52-2.560.27621500.29582564271498
2.56-2.60.3291210.27912683280499
2.6-2.650.30721350.26882627276299
2.65-2.70.28831470.25942659280699
2.7-2.760.28871420.246726482790100
2.76-2.820.2611470.235326472794100
2.82-2.880.24451370.226326522789100
2.88-2.960.26061430.208626722815100
2.96-3.040.24111530.204426502803100
3.04-3.130.23041340.19426772811100
3.13-3.230.23231410.188526532794100
3.23-3.340.23651370.177626752812100
3.34-3.480.21861440.175426582802100
3.48-3.630.1731240.153327042828100
3.63-3.820.17221250.142526852810100
3.83-4.060.19611280.13926852813100
4.06-4.380.15981330.129626822815100
4.38-4.820.16851450.11527112856100
4.82-5.510.15291260.129327032829100
5.51-6.940.17561310.151227172848100
6.95-51.270.16711510.157627512902100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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