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- PDB-5f73: Crystal structure of Mutant S12T of Adenosine/Methylthioadenosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f73
タイトルCrystal structure of Mutant S12T of Adenosine/Methylthioadenosine Phosphorylase in APO form
要素Methylthioadenosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Torini, J.R.S. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/14223-9 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)474402/2013-4 ブラジル
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioadenosine phosphorylase
B: Methylthioadenosine phosphorylase
C: Methylthioadenosine phosphorylase
D: Methylthioadenosine phosphorylase
E: Methylthioadenosine phosphorylase
F: Methylthioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,21712
ポリマ－211,6416
非ポリマー5766
水18,2311012
1
A: Methylthioadenosine phosphorylase
B: Methylthioadenosine phosphorylase
C: Methylthioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1096
ポリマ－105,8213
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area33220 Å2
手法PISA
2
D: Methylthioadenosine phosphorylase
E: Methylthioadenosine phosphorylase
F: Methylthioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1096
ポリマ－105,8213
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area33070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.440, 82.160, 150.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Trimer confirmed by gel filtration

-
要素

#1: タンパク質
Methylthioadenosine phosphorylase


分子量: 35273.508 Da / 分子数: 6 / 断片: Enzyme / 変異: S12T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
PH範囲: 6.3-6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→39.58 Å / Num. obs: 119129 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 25.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
2.06-2.113.80.5951094.3
9.21-39.584.30.031098.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L5Y

4l5y


解像度: 2.06→39.58 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 6071 5.03 %
Rwork0.1753 114716 -
obs0.1773 120787 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.59 Å2 / Biso mean: 34.3295 Å2 / Biso min: 14.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→39.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12757 0 30 1012 13799
Biso mean--25.13 38.81 -
残基数----1692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79617726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8697803
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.06-2.07330.34572100.26753688389896
2.0733-2.09770.26861700.25153643381393
2.0977-2.12330.2771870.22593566375394
2.1233-2.15020.26282290.21873825405499
2.1502-2.17850.2491830.209638634046100
2.1785-2.20830.27881790.200738914070100
2.2083-2.23990.2371760.200638444020100
2.2399-2.27330.261930.20943852404599
2.2733-2.30880.24092050.191938254030100
2.3088-2.34670.23942000.188238804080100
2.3467-2.38720.23152230.186738244047100
2.3872-2.43060.24062150.187438324047100
2.4306-2.47730.24142010.187838784079100
2.4773-2.52790.22752180.181338534071100
2.5279-2.58290.22672260.174238014027100
2.5829-2.64290.20272140.17083852406699
2.6429-2.7090.24642160.16933801401799
2.709-2.78230.19691980.17273830402899
2.7823-2.86420.22882020.17273840404299
2.8642-2.95660.23621800.18983829400998
2.9566-3.06230.24492110.1953643385494
3.0623-3.18490.23942150.19293827404299
3.1849-3.32990.22942010.182539044105100
3.3299-3.50540.20752210.175938454066100
3.5054-3.7250.20292040.167139064110100
3.725-4.01270.17351910.15183854404599
4.0127-4.41640.1821770.13583889406699
4.4164-5.05540.15952040.13233881408599
5.0554-6.36890.20412120.16763781399397
6.3689-79.86560.1892100.17013969417999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4981-0.4847-0.40140.9264-0.4690.56990.2065-0.52870.02040.6419-0.0820.63980.3576-0.546-0.0850.3898-0.09680.17560.45940.02980.558-97.9589-23.667974.4565
20.85770.1815-0.02231.6425-0.56341.476-0.0381-0.014-0.09270.1431-0.04090.30630.3061-0.27340.07570.274-0.04260.10020.25460.03740.4002-91.497-26.993268.9855
31.8614-0.5732-0.91232.3380.5593.10350.02820.1504-0.2191-0.0831-0.09190.07670.1473-0.13460.07660.1739-0.00080.00480.20790.01630.2504-84.9185-18.984557.0894
41.80550.86840.463.66230.85282.667-0.1737-0.0970.20370.25750.09560.7274-0.3654-0.49670.06680.23850.11950.02050.36750.04980.3745-101.0957-5.495559.9139
51.16930.65210.25960.63590.36561.29230.05040.18040.03360.00790.06270.0335-0.2127-0.1019-0.09930.24650.04880.05910.18010.03850.2456-83.708-9.63161.1565
60.9091-0.271-0.43492.80822.75435.15040.1815-0.1653-0.22910.04850.6413-1.0663-0.48780.6749-0.78250.35660.00240.05340.3171-0.04420.5323-83.9381-6.580570.9867
72.6608-0.2454-0.5391.7592-0.21372.5303-0.0056-0.0885-0.12310.15230.0530.43020.0766-0.4223-0.05050.22550.00290.04360.28920.060.3871-96.8831-17.796763.4723
80.5608-1.5008-0.26844.30641.53493.213-0.31610.3853-0.37760.01880.02330.35870.4782-0.16040.34210.2585-0.04090.01880.3172-0.03270.2755-66.8256-37.561630.3483
90.72580.59251.61323.71023.1086.6823-0.26870.0593-0.47410.211-0.04-0.22180.86050.12840.25680.4392-0.01930.09670.2284-0.00470.4896-63.7326-43.703143.0254
101.4632-0.2996-0.88841.03860.35091.8973-0.05630.204-0.27510.065-0.06130.09650.23-0.13570.11830.27630.00680.02980.2117-0.05420.2626-65.9226-35.553337.7644
111.5581-0.21090.12170.92070.55411.8140.0670.22730.1166-0.142-0.10830.056-0.2589-0.17250.03880.31170.02840.03040.2261-0.00680.2342-66.728-19.15735.7331
121.7868-0.6513-0.59440.83520.89130.95980.09370.07320.0209-0.0153-0.08970.0812-0.0578-0.1794-0.01770.28470.02980.0420.2359-0.00040.2279-73.9844-18.435844.8397
130.21210.2597-0.30581.07370.01350.6546-0.1481-0.3130.11870.19210.07090.482-0.2259-0.45670.12180.33210.11080.04190.4729-0.05780.3775-77.7114-23.424836.0663
147.55830.6124-1.30151.41010.26122.3668-0.0220.7202-0.1956-0.2371-0.20750.3218-0.0064-0.70490.24480.31980.0273-0.03380.4491-0.14780.3365-76.6001-28.660125.6799
150.841-0.01380.41641.60331.56352.54270.06050.1854-0.0686-0.15420.1367-0.1979-0.09041.3447-0.18670.24850.02280.04750.3486-0.01520.2742-47.7233-25.782538.3184
162.16460.29122.71961.465-1.47796.04130.26060.0762-0.18380.0065-0.1914-0.52920.61930.8029-0.06870.2994-0.00410.00450.23870.03660.3076-44.1715-14.660972.9451
170.93580.1675-0.11421.943-0.41910.64570.0236-0.076800.084-0.0189-0.0044-0.06480.0495-0.00540.2464-0.00560.02590.1935-0.00160.1985-55.8493-12.35569.5336
180.4682-0.22-0.36930.29550.56671.21570.04130.0470.1069-0.1068-0.03410.0455-0.1667-0.0119-0.02790.27030.00150.0150.16750.01750.2251-59.4331-7.444457.7432
194.9380.5669-3.63262.3729-1.0726.0599-0.02440.8498-0.0257-0.3410.1152-0.18130.2546-0.5753-0.11920.291-0.0460.04960.3010.00780.2416-51.0209-8.4857.7481
202.1726-0.467-1.73062.48211.62799.23780.0650.07250.0935-0.13140.062-0.50180.03540.4197-0.14440.2693-0.05010.02090.20920.02190.3076-41.6082-6.123163.5024
217.01332.93691.72612.81860.79421.81220.2752-0.7851-0.14220.7832-0.22560.14880.1139-0.2608-0.01830.61470.04170.16140.30050.00530.2664-65.2997-8.24983.9425
222.0858-0.7094-0.20392.44010.38431.4497-0.01490.1062-0.2535-0.06-0.0641-0.18590.19810.19910.06930.220.02830.03820.2298-0.00510.2892-85.911112.03254.5285
231.82990.66470.03911.9732-0.81722.67960.071-0.23570.07120.1795-0.14960.1158-0.13240.13380.08680.1671-0.01710.01910.2156-0.02970.2301-92.702425.689714.1317
242.2320.6321-1.95943.8336-1.15011.8076-0.1823-0.0647-0.5603-0.0795-0.122-0.19750.31560.05850.30450.2598-0.0018-0.00560.28770.04320.3067-91.692610.702122.5852
251.6187-0.3109-0.13781.2153-0.15991.05120.0157-0.1190.14580.0897-0.0098-0.1963-0.17460.2252-0.01030.2044-0.0413-0.01710.2389-0.02220.2079-87.251930.45313.4965
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280.08510.5337-0.07833.5799-1.60942.4642-0.1354-0.6597-0.6883-0.0525-0.2048-0.33450.15480.38920.2940.27680.00020.04190.36650.16210.3485-110.68182.639144.8468
290.99140.1755-0.26431.24670.08151.5989-0.0996-0.1575-0.30270.0389-0.02430.07230.22370.02910.09880.3155-0.03350.05520.24020.07860.3069-111.88442.912136.2149
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311.92130.3717-0.0181.3532-0.60022.54740.0901-0.36430.04180.2714-0.15630.0692-0.19520.1330.05840.3227-0.02340.08230.25220.040.2805-111.689320.21239.515
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350.86510.2409-0.70791.56-1.31861.447-0.0175-0.18820.0080.02440.05890.3530.0726-1.2115-0.07530.3271-0.01230.11440.4428-0.0020.4911-129.257215.387836.8018
360.9424-1.1762-0.87092.00851.19821.7653-0.11340.4502-0.2704-0.2169-0.28460.42270.8994-0.7540.10730.3650.0023-0.05520.3892-0.10980.3093-129.548123.23410.7277
371.7653-0.3206-0.58731.60720.60310.8360.09610.1936-0.1296-0.1014-0.13140.139-0.0575-0.18770.01870.19530.0258-0.04480.2028-0.02280.1795-121.037128.99186.2592
380.809-0.2092-0.07320.5827-0.02471.04570.0277-0.05280.01590.0822-0.05010.0786-0.1056-0.1280.01450.21560.00830.01020.1709-0.00340.2194-118.811433.062617.2507
392.5804-0.9592-0.41482.10130.34771.34480.1530.37240.1495-0.1826-0.12530.1296-0.1326-0.1948-0.02230.26160.0172-0.06060.1734-0.04240.2013-124.234533.52432.5273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 26 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 90 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 139 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 164 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 220 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 221 through 238 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 239 through 291 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 23 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 38 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 39 through 90 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 182 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 183 through 217 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 218 through 241 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 242 through 269 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 270 through 291 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 3 through 23 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 24 through 164 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 165 through 220 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 221 through 242 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 243 through 269 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 270 through 291 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 3 through 89 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 90 through 120 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 121 through 139 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 140 through 220 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 221 through 242 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 243 through 291 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 2 through 23 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 24 through 90 )E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 91 through 110 )E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 111 through 182 )E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 183 through 217 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 218 through 241 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 242 through 270 )E0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 271 through 291 )E0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 3 through 29 )F0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 30 through 164 )F0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 165 through 242 )F0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 243 through 292 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る