PDB-5fak: Crystal structure of Double Mutant S12T and N87T of Adenosine/Met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fak

タイトル

Crystal structure of Double Mutant S12T and N87T of Adenosine/Methylthioadenosine Phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with Adenine

要素

Methylthioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2015年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5fak.ent.gz	563.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fak_validation.pdf.gz	501.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fak_full_validation.pdf.gz	508.6 KB	表示
XML形式データ	5fak_validation.xml.gz	72 KB	表示
CIF形式データ	5fak_validation.cif.gz	104.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fak	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4l5aC 4l5cC 4l5yC 4l6iC 5f73C 5f76C 5f77SC 5f78C 5f7jC 5f7oC 5f7xC 5f7zC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f76-d 4l6i-1 4l5a-2 5f7j-1 5f7j-2 5f7x-d 5f77-d 4l5c-1 4l6i-2 4l5y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methylthioadenosine phosphorylase

B: Methylthioadenosine phosphorylase

C: Methylthioadenosine phosphorylase

D: Methylthioadenosine phosphorylase

E: Methylthioadenosine phosphorylase

F: Methylthioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

213 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methylthioadenosine phosphorylase

B: Methylthioadenosine phosphorylase

C: Methylthioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
106 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Methylthioadenosine phosphorylase

E: Methylthioadenosine phosphorylase

F: Methylthioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
106 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.060, 82.090, 150.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Trimer confirmed by gel filtration

#1: タンパク質	Methylthioadenosine phosphorylase 分子量: 35260.508 Da / 分子数: 6 / 変異: S12T,N87T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5 / PH範囲: 6.1-6.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→79.51 Å / Num. obs: 155607 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Rejects	% possible all
1.87-1.92	4.4	1.1	1	0	96.6
8.36-79.51	4.1	0.03	1	0	94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F77

5f77

解像度: 1.87→79.508 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2147	7588	4.88 %	Random selection
R_work	0.1811	147944	-	-
obs	0.1827	155532	97.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.9 Å² / B_iso mean: 36.5346 Å² / B_iso min: 14.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→79.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12897	0	70	1277	14244
B_iso mean	-	-	44.21	42.07	-
残基数	-	-	-	-	1703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13249
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.742	17995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2091
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.711	7894

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.87-1.8913	0.3785	270	0.3347	4832	5102	97
1.8913-1.9135	0.3246	218	0.3052	4866	5084	96
1.9135-1.9368	0.3386	223	0.2962	4877	5100	96
1.9368-1.9614	0.305	253	0.2743	4874	5127	96
1.9614-1.9872	0.2931	247	0.2575	4903	5150	97
1.9872-2.0144	0.2885	243	0.2538	4854	5097	97
2.0144-2.0432	0.2975	253	0.2376	4870	5123	97
2.0432-2.0737	0.28	244	0.2289	4885	5129	97
2.0737-2.1061	0.2519	239	0.2123	4895	5134	97
2.1061-2.1406	0.2515	231	0.2131	4942	5173	97
2.1406-2.1775	0.2703	245	0.2068	4926	5171	97
2.1775-2.2171	0.264	245	0.1952	4868	5113	97
2.2171-2.2598	0.2394	294	0.19	4907	5201	97
2.2598-2.3059	0.2048	251	0.1823	4888	5139	98
2.3059-2.356	0.2301	208	0.1819	4974	5182	98
2.356-2.4109	0.2283	244	0.182	4953	5197	97
2.4109-2.4711	0.2167	245	0.1839	4912	5157	98
2.4711-2.538	0.238	259	0.1797	4931	5190	98
2.538-2.6127	0.2164	270	0.1764	4930	5200	98
2.6127-2.697	0.228	256	0.1804	4971	5227	98
2.697-2.7934	0.224	276	0.1721	4940	5216	98
2.7934-2.9052	0.2028	253	0.1759	4952	5205	98
2.9052-3.0375	0.2296	297	0.1819	4920	5217	98
3.0375-3.1976	0.1964	264	0.181	4993	5257	98
3.1976-3.3979	0.1987	252	0.1753	5018	5270	98
3.3979-3.6603	0.21	245	0.1673	4998	5243	99
3.6603-4.0286	0.1801	263	0.1466	5004	5267	99
4.0286-4.6115	0.1467	248	0.1279	5050	5298	98
4.6115-5.8098	0.1705	252	0.1552	5052	5304	98
5.8098-79.5799	0.206	300	0.1876	4959	5259	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1818	-2.034	-2.3018	4.9907	-4.1743	7.1534	0.3562	-0.2595	0.3144	0.7105	-0.0473	0.4188	-0.3977	0.0561	-0.1227	0.2904	-0.0748	0.098	0.2277	-0.0139	0.427	-17.3536	-19.9084	72.4259
2	1.5818	0.7719	-0.2562	2.5773	-0.4443	1.6194	0.0602	-0.0784	-0.2319	0.1165	-0.0772	0.2779	0.2472	-0.1894	0.0255	0.2244	-0.0278	0.0456	0.1929	0.0162	0.3076	-9.8352	-22.1636	69.0482
3	2.8336	-0.8235	-0.6072	1.7985	0.5913	1.8118	0.0331	0.1919	0.0288	-0.0848	-0.0854	0.194	-0.0891	-0.2238	0.0552	0.1915	0.0268	0.0069	0.203	0.0227	0.1855	-9.0034	-7.4056	58.587
4	2.8545	0.8929	0.1864	1.7006	-0.0317	1.4138	0.1108	-0.1549	0.1072	0.063	-0.0672	0.2006	-0.0304	-0.2146	-0.0358	0.2097	0.0456	0.0267	0.1756	0.0235	0.2093	-6.5959	-8.9966	63.2747
5	1.4791	-3.3346	-1.7635	7.515	3.6076	4.4338	-0.2623	0.628	-0.9797	0.0046	-0.2201	0.8454	0.6275	-0.414	0.5188	0.3389	-0.0398	0.0021	0.3508	-0.0688	0.3226	13.3868	-33.4748	30.0229
6	1.8143	-0.7499	-0.8569	1.288	0.2989	2.613	-0.1081	0.1058	-0.425	0.0763	-0.0394	0.0667	0.3733	-0.091	0.1307	0.29	0.0004	0.036	0.2138	-0.0343	0.2874	15.4679	-32.6043	38.7926
7	1.0608	-0.2367	-0.1764	0.8479	0.5004	1.3786	0.1139	0.1899	0.088	-0.1704	-0.0944	-0.0002	-0.1766	-0.1135	-0.0162	0.2709	0.0411	0.0392	0.2031	0.011	0.1724	12.7465	-15.0132	37.7868
8	4.2212	1.3388	1.799	2.2674	2.0372	4.9656	-0.2716	0.089	-0.3716	-0.3967	-0.1185	0.529	0.611	-0.3218	0.035	0.6543	0.1198	0.1762	0.6086	0.084	0.4518	-4.8532	-15.6387	36.6202
9	0.9529	-0.2605	-0.662	1.2162	0.7229	3.084	0.0681	0.4074	-0.1692	-0.2301	-0.0502	-0.0693	0.0013	0.3409	-0.0919	0.3195	0.0686	0.0774	0.2157	0.0213	0.2457	23.0298	-23.2275	31.615
10	1.589	0.2597	1.1554	3.1784	-0.0884	2.0515	0.0515	-0.1059	-0.2988	-0.0116	-0.0917	-0.5242	0.0948	0.4573	0.0228	0.223	0.0193	0.0105	0.2963	0.0336	0.3215	34.5437	-15.7024	73.6836
11	1.102	0.082	-0.1071	1.4088	-0.2356	0.7826	0.0481	-0.0635	0.0481	0.0092	-0.0139	-0.0523	-0.0773	0.0776	-0.037	0.2369	-0.007	0.0209	0.1904	-0.0027	0.2011	25.2816	-6.2775	68.5419
12	0.8956	-0.0551	-0.1102	0.9134	0.783	1.2953	0.029	0.0892	0.1187	-0.2382	0.0237	-0.0845	-0.1908	0.0409	-0.0569	0.2332	0.0044	0.0269	0.1625	0.0234	0.1941	22.2608	-3.279	57.6012
13	1.6573	0.1429	0.185	1.7381	0.1064	6.6821	0.0336	0.478	0.0608	-0.492	0.075	-0.0589	-0.2876	0.0346	-0.0932	0.4021	-0.0442	0.076	0.2905	-0.0173	0.3058	28.5293	-2.3264	54.7057
14	3.5304	-0.3372	-2.4059	3.4778	1.6505	2.2759	0.1077	0.0363	0.1468	-0.4216	0.2346	-0.465	-0.1043	0.4257	-0.2971	0.2874	-0.0495	0.0275	0.2136	0.0211	0.3271	40.1265	-1.7375	63.1067
15	3.6325	4.6733	1.3669	6.1383	1.3509	1.9497	0.1777	-0.5538	-0.1043	0.5208	-0.2137	0.1435	-0.1086	-0.2782	0.0434	0.4255	0.0044	0.0949	0.2521	0.0122	0.2421	15.392	-4.3195	83.6466
16	3.9498	-0.106	0.9175	4.8952	-2.935	1.9327	0.3522	-0.0314	0.2539	0.8104	-0.1709	0.8387	-0.1972	-0.2541	-0.0358	0.3342	-0.0445	0.1537	0.3817	-0.0169	0.4531	-30.1671	-21.9616	146.4492
17	1.878	0.0801	-0.666	2.4298	-0.72	1.9192	0.01	-0.0955	-0.4572	0.1778	-0.0263	0.3378	0.3033	-0.2297	0.043	0.2388	-0.0475	0.025	0.2278	0.0345	0.3519	-24.0936	-24.1853	142.4976
18	3.0253	-0.6817	-0.6521	1.736	0.228	2.0178	0.0285	0.1316	-0.07	-0.0776	-0.0558	0.1367	-0.143	-0.2697	0.013	0.1809	0.0393	-0.0138	0.1994	0.0158	0.1515	-24.5046	-9.3268	131.974
19	3.1853	0.6433	-0.2891	1.6971	-0.4289	1.5598	0.1278	-0.0763	-0.0373	0.0718	-0.0539	0.2195	-0.0916	-0.1833	-0.0654	0.2333	0.0462	0.0139	0.2118	0.0289	0.2396	-21.9369	-11.3649	136.1205
20	1.3672	-3.0549	-1.1115	6.8236	3.0919	5.1385	-0.2653	0.2304	-0.7326	-0.0709	-0.205	0.876	0.6131	-0.3001	0.4199	0.3474	-0.0075	0.0417	0.3391	-0.0831	0.396	-1.8035	-34.133	102.5743
21	1.2016	-0.35	-0.3479	1.7977	0.1205	2.9787	-0.0402	0.0945	-0.308	-0.053	-0.0594	0.1222	0.2225	-0.0067	0.1038	0.2249	0.002	0.0504	0.2251	-0.047	0.2553	-1.6607	-28.3526	110.531
22	0.6994	-0.2075	-0.4251	1.5101	0.3812	2.2527	0.0269	0.1824	-0.0783	-0.1979	-0.1185	-0.022	-0.1452	-0.083	0.0695	0.3019	0.0254	0.0539	0.2635	-0.0218	0.2405	-1.6662	-18.0921	108.7675
23	1.9747	0.7324	2.8646	1.3626	0.115	5.0016	0.2032	-0.2562	-0.3066	0.2644	-0.014	-0.6615	0.6244	1.428	-0.2632	0.3177	-0.0135	-0.0404	0.6047	0.0835	0.4721	22.8998	-10.502	144.5853
24	3.7299	-0.0693	-0.3726	0.9042	0.5151	0.3862	0.0229	-0.9305	-0.7231	0.6195	-0.3727	-0.646	0.162	0.8525	0.2958	0.3836	0.0251	-0.0336	0.5012	0.2215	0.5482	15.1608	-22.9484	147.3943
25	1.8811	0.0228	-0.4025	2.3255	-0.6006	1.9451	0.0311	-0.3112	-0.1834	0.1413	-0.1449	-0.1692	0.0218	0.3538	0.1077	0.2002	-0.0252	0.0241	0.28	0.0481	0.2518	13.5311	-9.5464	139.9179
26	1.3938	0.3457	-0.3116	1.2729	0.0001	1.1985	0.0926	-0.0958	0.0025	-0.0091	-0.0219	-0.0473	-0.1441	0.1176	-0.0637	0.2248	-0.0145	0.0212	0.2268	0.0162	0.229	6.2915	-3.5614	136.1759
27	3.2731	0.6668	1.5174	3.5773	-0.5118	4.6612	-0.0523	0.4758	-0.0287	-0.7028	-0.0627	-0.2124	-0.0886	0.3953	0.1309	0.3942	-0.0358	0.1049	0.3066	0.0102	0.3668	13.2128	-2.6505	127.3295
28	3.9742	1.0912	-1.3948	1.6942	0.0509	2.0698	0.2003	-0.5893	0.0746	0.1511	-0.1295	-0.1573	-0.2007	0.414	-0.0685	0.2706	-0.0188	-0.0583	0.2208	0.0781	0.2367	14.3915	-2.975	144.5569
29	0.5558	-0.0231	0.1075	0.4588	0.0108	0.0196	-0.5088	0.1833	-0.3688	-0.194	-0.3862	0.0258	0.3828	-0.2328	0.6516	0.3044	-0.021	0.1588	0.1489	0.015	0.4831	-3.7903	-9.5443	83.6694
30	2.0001	2	1.9999	2.0001	1.9998	2.0001	-0.47	-0.2792	0.0346	0.9987	1.1619	-0.2234	1.0887	1.4474	-0.693	1.1631	-0.0982	0.475	0.9586	-0.3731	0.6869	-14.5499	-18.9195	113.7893

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 26 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 90 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 182 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 290 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 23 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 91 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 92 through 231 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 232 through 249 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 250 through 291 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3 through 38 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 39 through 164 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 165 through 220 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 221 through 242 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 243 through 269 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 270 through 293 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 4 through 26 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 27 through 90 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 91 through 182 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 183 through 291 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 3 through 23 )	E
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 24 through 110 )	E
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 111 through 290 )	E
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 3 through 23 )	F
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 24 through 38 )	F
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 39 through 110 )	F
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 111 through 220 )	F
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 221 through 242 )	F
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 243 through 291 )	F
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain 'A' and resid 301) or (chain 'B' and resid 301) or (chain 'D' and resid 301)	G
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 301 through 301 )	G

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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