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万見
- PDB-1myw: CRYSTAL STRUCTURE OF A YELLOW FLUORESCENT PROTEIN WITH IMPROVED M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1myw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A YELLOW FLUORESCENT PROTEIN WITH IMPROVED MATURATION AND REDUCED ENVIRONMENTAL SENSITIVITY
要素Green fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / BIOLUMINESCENCE / PHOTOACTIVE PROTEIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN / YELLOW-EMISSION VARIANT / IMPROVED MATURATION / BETA-BARREL / CHROMOPHORE
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rekas, A. / Alattia, J.R. / Nagai, T. / Miyawaki, A. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Venus, a Yellow Fluorescent Protein with Improved Maturation and Reduced Environmental Sensitivity
著者: Rekas, A. / Alattia, J.R. / Nagai, T. / Miyawaki, A. / Ikura, M.
履歴
登録2002年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE RESIDUES GLY65, TYR66, AND GLY67 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY. INSTEAD THEY ARE REPLACED WITH CR266.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8751
ポリマ－26,8751
非ポリマー00
水1,29772
1
A: Green fluorescent protein

A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7512
ポリマ－53,7512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_774-y+2,-x+2,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)82.704, 82.704, 72.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26875.287 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-230
変異: F46L, F64L, S65G, V68L, S72A, M153T, V163A, S175G, T203Y
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEYFP-F46L variant
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: PRSET_B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Tris, ammonium sulfate, PEG400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
133 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.9
350 mM1dropNaCl
40.5 mMdithiothreitol1drop
52.1 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoirpH8.4
74 %(v/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.88 Å / Num. all: 14560 / Num. obs: 14560 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.34 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.317 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
Num. obs: 121451
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.28 Å / 最低解像度: 2.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YFP

1yfp


解像度: 2.2→23.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 714 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 14233 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5482 Å2 / ksol: 0.412254 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å23.3 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.54 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.31 Å / Luzzati sigma a free: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1825 0 0 72 1897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 128 5.7 %
Rwork0.228 2135 -
obs--94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CRO_YFP.PARAMCRO_YFP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.376
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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