PDB-6un6: Crystal structure of green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6un6

タイトル

Crystal structure of green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-NO2Y); ih circular permutant (50-51)

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GFP

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2020
タイトル: Unusual Spectroscopic and Electric Field Sensitivity of Chromophores with Short Hydrogen Bonds: GFP and PYP as Model Systems.
著者: Lin, C.Y. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6un6.cif.gz	203.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6un6.ent.gz	163.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6un6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6og8C 6og9C 6ogaC 6ogbC 6ogcC 6un5C 6un7C 6ofkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jfg-3 3lvc-d 6oga-d 4w6a-d 2b3q-1 1gfl-d 6ofk-d 2b3q-2 4jfg-2 1myw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.947, 67.719, 58.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 28259.525 Da / 分子数: 2 変異: A72S, Q80R, T105K, E111V, I128T, K166T, I167V, S205T, A206V, S232R, Y241I, C250S 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: gfp, GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M ammonium acetate, 34% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→38.528 Å / Num. obs: 57467 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.26 % / B_iso Wilson estimate: 21.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 12.56 % / R_merge(I) obs: 2.238 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 4040 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13RC2_2986	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OFK

6ofk

解像度: 1.5→38.53 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	2862	5 %
R_work	0.159	-	-
obs	0.161	57231	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3622	0	0	263	3885

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5001-1.526	0.292	127	0.2713	2417	X-RAY DIFFRACTION	88
1.526-1.5537	0.2295	144	0.2444	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5537-1.5836	0.2804	143	0.2272	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5836-1.6159	0.2252	144	0.2161	2738	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6159-1.651	0.232	144	0.2106	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
1.651-1.6895	0.2684	143	0.1985	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6895-1.7317	0.2151	144	0.1867	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7317-1.7785	0.2096	144	0.1792	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7785-1.8309	0.1975	141	0.1808	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8309-1.89	0.2048	140	0.1745	2657	X-RAY DIFFRACTION	96
1.89-1.9575	0.1985	144	0.1668	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9575-2.0359	0.1915	145	0.1616	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0359-2.1285	0.1519	144	0.1519	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1285-2.2407	0.1816	146	0.1544	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2407-2.3811	0.1789	145	0.1567	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3811-2.5649	0.1937	143	0.166	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5649-2.823	0.2051	143	0.1711	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
2.823-3.2313	0.1697	146	0.1577	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2313-4.0703	0.176	146	0.1383	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0703-38.528	0.1395	146	0.1399	2786	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3903	0.3155	0.2715	1.6168	0.3412	1.3397	0.08	-0.1492	0.0455	0.0167	-0.1065	0.1279	0.022	-0.1092	0.0198	0.1593	-0.0022	0.0063	0.158	-0.0163	0.1437	3.0855	8.4712	0.0954
2	2.6464	1.8302	-0.8669	3.2315	-0.7835	2.6382	-0.1132	0.0416	-0.2214	-0.3088	-0.0142	-0.2098	0.3195	-0.0426	0.0525	0.1854	0.0051	0.0096	0.1477	-0.0078	0.1681	7.7196	1.4536	-5.5549
3	1.0485	0.6724	0.0583	2.0659	0.4207	1.568	0.0774	-0.0609	0.0643	0.0159	-0.1088	-0.0219	-0.0257	0.0106	0.0335	0.1779	0.0016	-0.0022	0.1746	-0.0137	0.1545	7.0529	13.1409	1.2632
4	0.1971	-0.4303	0.2817	5.1208	0.1997	0.6293	0.5049	-0.6999	0.3514	0.7765	-0.5301	1.0347	-0.0543	-0.4739	0.4757	0.3423	-0.109	0.1705	0.347	-0.1162	0.3782	-9.2585	0.8143	8.0092
5	2.4698	1.1749	-1.4623	2.7241	-1.1578	3.493	0.0377	0.014	-0.2594	0.0422	-0.074	-0.3627	0.2244	0.0857	0.0834	0.1898	0.0038	-0.0275	0.164	0.0163	0.2026	14.4137	0.7304	-1.1513
6	7.8213	-1.3667	-1.7479	2.9093	0.1373	3.1424	0.1033	-0.4361	-0.1534	0.3999	-0.1133	-0.25	0.2884	0.2102	-0.0042	0.2614	-0.0556	-0.0558	0.2042	0.0314	0.2195	11.4536	2.0582	7.7511
7	1.9337	-0.2627	0.3464	2.2763	-0.6866	1.6716	-0.1558	-0.0041	0.0465	0.2539	0.0626	-0.2247	-0.1533	0.1064	-0.0068	0.2055	-0.0264	-0.0194	0.1385	-0.0025	0.1401	15.4544	21.9014	30.7268
8	1.6555	0.2808	0.8431	2.5897	0.4718	3.1408	0.0886	0.1332	0.2406	0.0094	0.0086	0.3111	-0.1868	-0.4294	0.1254	0.2224	-0.0128	0.0095	0.2189	0.0604	0.2503	-0.3025	26.4554	21.229
9	3.4389	0.1315	1.7212	1.5268	0.0672	2.5889	-0.0783	0.0173	0.2751	0.1135	-0.0143	-0.3044	-0.2938	0.1721	0.0621	0.2583	-0.0532	-0.0368	0.1874	0.0323	0.2624	16.1675	29.7334	22.9092
10	0.7906	0.2098	-0.7417	1.1663	0.077	1.2961	-0.4029	-0.0274	0.5394	0.3343	0.0164	-0.5211	-0.454	0.4772	-0.1037	0.2904	-0.0587	-0.0993	0.2408	0.0209	0.3264	21.6583	28.0878	29.7758
11	1.5795	-0.3667	0.3783	1.7349	0.5182	1.9702	-0.1062	0.1727	-0.1675	-0.1046	0.101	0.063	0.1416	-0.0231	0.0343	0.2102	-0.0421	-0.0171	0.1674	0.0088	0.1473	9.5772	13.5907	21.8296
12	4.9881	-0.7254	-4.191	1.5676	1.0681	3.6714	-0.1195	0.3814	0.3054	0.3685	-0.0903	-0.9522	0.1767	0.7429	-0.1769	0.3748	-0.146	-0.0352	0.7207	0.0763	0.6829	36.9376	18.1711	22.3261
13	2.1758	-0.2215	-0.5879	2.9309	-0.1764	1.4321	-0.1767	-0.1444	-0.1977	0.3301	0.1253	-0.025	-0.063	0.0086	0.0237	0.2488	0.0018	-0.0041	0.1754	0.0164	0.1373	11.7256	14.7925	33.7717
14	6.3063	0.6069	-1.6424	1.8739	-0.2853	3.1164	-0.0851	0.0996	0.0175	0.1006	0.1374	0.092	0.1529	-0.1307	-0.0063	0.2176	0.0003	0.0144	0.1468	0.0164	0.1968	9.8774	10.908	28.1363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 55 THROUGH 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 79 THROUGH 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 178 THROUGH 204 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 205 THROUGH 229 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 230 THROUGH 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 78 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 79 THROUGH 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 99 THROUGH 125 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 126 THROUGH 148 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 149 THROUGH 177 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 178 THROUGH 196 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 197 THROUGH 229 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 230 THROUGH 243 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)