PDB-2yo3: Salmonella enterica SadA 1185-1386 fused to GCN4 adaptors (SadAK14)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yo3

タイトル

Salmonella enterica SadA 1185-1386 fused to GCN4 adaptors (SadAK14)

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HANS MOTIF / YADA-LIKE HEAD / YLHEAD / HEAD INSERT MOTIF / HIM /

TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN / TAA /

CHIMERA

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation /

mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Complete Fiber Structures of Complex Trimeric Autotransporter Adhesins Conserved in Enterobacteria.
著者: Hartmann, M.D. / Grin, I. / Dunin-Horkawicz, S. / Deiss, S. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2012年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年3月20日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yo3.cif.gz	319.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yo3.ent.gz	262.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ynyC 2ynzC 2yo0C 2yo1C 2yo2C 1gcmS 1ce9 1dgc 1fav 1fmh 1gcl 1gk6 1gzl 1ihq 1ij0 1ij1 1ij2 1ij3 1kql 1ld4 1llm 1nkn 1piq 1rb4 1rb5 1rb6 1swi 1tmz 1unt 1unu 1unv 1unw 1unx 1uny 1unz 1uo0 1uo1 1uo2 1uo3 1uo4 1uo5 1w5g 1w5h 1w5i 1w5j 1w5k 1w5l 1ysa 1zii 1zij 1zik 1zil 1zim 1zta 2b1f 2b22 2bni 2cce 2ccf 2ccn 2d3e 2dgc 2wg5 2wg6 2wpq 2wpr 2wps 2wpy 2wpz 2wq0 2wq1 2wq2 2wq3 2zta 3k7z S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v71-d 4ke2-d 4cpc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

ヘテロ分子

86.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.320, 46.170, 103.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	6	A	A	1157 - 1388	2 - 233
2	1	MET	MET	6	B	B	1156 - 1388	1 - 233
3	1	MET	MET	6	C	C	1156 - 1388	1 - 233
1	2	GLN	GLN	3	A	A	1389 - 1413	234 - 258
2	2	GLN	GLN	3	B	B	1389 - 1413	234 - 258
3	2	GLN	GLN	3	C	C	1389 - 1413	234 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 / AMINO ACID BIOSYNTHESIS REGULATORY PROTEIN / AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT 分子量: 28931.012 Da / 分子数: 3 断片: GCN4 ADAPTOR RESIDUES 250-278, ADHESIN RESIDUES 1185-1386, GCN4 ADAPTOR RESIDUES 250-278 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q8ZL64
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 12% (W/V) PEG 8000, 100 MM MAGNESIUM ACETATE, 100 MM TRIS PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月29日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→37.3 Å / Num. obs: 59695 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.91 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCM

1gcm

解像度: 2→37.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 10.465 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25292	2984	5 %	RANDOM
R_work	0.19983	-	-	-
obs	0.20238	56706	98.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.69 Å²	0 Å²	2.04 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5652	0	1	573	6226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5701
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.099	1.939	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.854	3	8879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.804	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.299	26.96	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.336	15	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.891	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.224	3	3815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.315	3	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.079	6	6128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.847	9	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.464	12	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	150	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	150	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	150	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	2647	loose positional	1.64	5
1	2	B	2647	loose positional	1.69	5
1	3	C	2647	loose positional	1.71	5
2	1	A	105	loose positional	0.03	5
2	2	B	105	loose positional	0.03	5
2	3	C	105	loose positional	0.03	5
2	1	A	150	tight thermal	0.08	0.5
2	2	B	150	tight thermal	0.05	0.5
2	3	C	150	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	2647	loose thermal	2	10
1	2	B	2647	loose thermal	1.91	10
1	3	C	2647	loose thermal	2.03	10
2	1	A	105	loose thermal	0.07	10
2	2	B	105	loose thermal	0.05	10
2	3	C	105	loose thermal	0.05	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	210	-
R_work	0.268	4024	-
obs	-	-	95.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.6552	1.6512	-2.4962	0.8618	-0.2245	1.2103	0.085	0.0795	0.1205	0.0303	0.0255	0.0915	-0.0245	0.0901	-0.1105	0.2239	0.0322	0.0033	0.0319	0.0131	0.1751	119.646	21.6715	15.2161
2	4.0615	0.1096	-0.1233	3.0407	-0.6316	1.9124	-0.0036	0.064	0.3429	-0.0787	-0.0503	-0.2849	-0.0711	0.2225	0.054	0.1346	0.027	-0.0288	0.0755	-0.014	0.0732	48.0696	26.6862	21.5468
3	3.5516	0.3742	-0.9621	1.965	-0.2589	1.4067	-0.0157	-0.1569	0.0039	-0.1662	0.0232	-0.0106	0.0505	0.0741	-0.0075	0.1746	0.0289	0.0167	0.1002	0.0149	0.2338	5.649	23.8243	26.8178
4	32.4535	-0.758	-12.9831	0.4488	-0.0611	5.5186	-0.1967	0.4444	-0.6077	-0.0596	-0.0257	0.0586	0.1203	-0.2634	0.2225	0.3568	-0.0273	-0.0041	0.6225	-0.037	0.2296	-49.3613	22.465	51.5038
5	15.2958	-1.4666	-2.5202	1.1476	-0.1191	1.3769	0.0084	0.5542	-0.0363	-0.0817	0.0266	0.1507	0.0334	-0.1232	-0.0349	0.2285	0.0064	-0.0077	0.1075	0.0093	0.1279	119.468	21.0976	8.3425
6	4.5466	-0.8291	0.5024	2.275	-0.6163	2.0014	-0.0539	-0.3105	0.2152	0.1525	-0.0096	-0.2216	-0.0362	0.331	0.0634	0.1307	0.0053	-0.0119	0.1289	-0.0251	0.0319	49.3843	23.3046	28.7988
7	5.9932	0.2292	-1.2636	2.2945	-1.2122	2.1886	0.0214	-0.7225	0.2577	0.2496	-0.049	-0.0755	-0.1691	0.2174	0.0276	0.1916	0.0151	0.0146	0.151	-0.0384	0.1756	6.165	26.1509	31.9115
8	40.4143	0.2793	-16.417	0.0178	-0.0544	8.1183	-0.3435	2.683	-0.9281	-0.0126	-0.0938	-0.0267	0.0936	-1.9141	0.4374	0.3301	0.0037	0.0468	0.933	-0.2362	0.5036	-49.2116	21.149	42.2675
9	18.2752	-0.0921	-7.4426	0.6388	0.0041	3.874	0.1785	0.3527	0.4701	-0.0785	0.0403	0.1063	-0.1178	-0.074	-0.2187	0.2028	0.0141	-0.0018	0.0355	0.0274	0.1964	119.2631	27.526	10.7373
10	3.7626	-0.8752	-0.9188	2.6372	-0.0515	2.4907	-0.0323	-0.1234	-0.0811	-0.0787	0.0292	-0.1454	0.15	0.2702	0.0031	0.1324	0.0122	-0.0245	0.0818	-0.0157	0.0249	48.4189	18.7907	22.3138
11	3.4027	-0.0344	-1.1048	1.7798	0.6857	1.333	-0.026	-0.4882	-0.1317	0.2134	0.0359	0.0008	0.1326	0.0967	-0.0099	0.2062	0.0191	0.0182	0.1523	0.0268	0.2238	6.2073	20.6767	31.3152
12	48.9553	0.6646	-18.9637	0.4769	-0.0344	7.7608	0.6339	0.2183	1.7244	0.1284	0.1126	0.1915	-0.182	-0.4853	-0.7465	0.3366	0.1051	0.0523	0.71	0.2437	0.3817	-49.987	30.2539	46.1208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1157 - 1219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1220 - 1306
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1307 - 1357
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1358 - 1413
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1157 - 1219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	1220 - 1306
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1307 - 1357
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1358 - 1413
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1156 - 1219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1220 - 1306
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1307 - 1357
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	1358 - 1413

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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