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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v71 | ||||||
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タイトル | Coiled-coil region of NudEL | ||||||
要素 | NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1 | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / DEVELOPMENTAL PROTEIN (ヒトの発達) / NEUROGENESIS (神経発生) / CYTOSKELETON (細胞骨格) / LIS1 BINDING / DIFFERENTIATION / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / TRANSPORT / MICROTUBULE (微小管) / MICROTUBULE ASSOCIATED MIGRATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / neurofilament cytoskeleton / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / cerebral cortex radially oriented cell migration / Separation of Sister Chromatids / kinetochore => GO:0000776 ...: / neurofilament cytoskeleton / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / cerebral cortex radially oriented cell migration / Separation of Sister Chromatids / kinetochore => GO:0000776 / establishment of chromosome localization / central nervous system neuron axonogenesis / oligopeptidase activity / central region of growth cone / nuclear membrane disassembly / vesicle transport along microtubule / neurofilament cytoskeleton organization / microtubule nucleation / lysosome localization / axon hillock / activation of GTPase activity / retrograde axonal transport / positive regulation of ruffle assembly / mitotic centrosome separation / microtubule associated complex / centrosome localization / 微小管形成中心 / inner cell mass cell proliferation / regulation of neuron projection development / neuron projection extension / kinesin complex / beta-tubulin binding / positive regulation of axon regeneration / regulation of intracellular protein transport / cell leading edge / establishment of mitotic spindle orientation / alpha-tubulin binding / positive regulation of axon extension / axon cytoplasm / chromosome segregation / neuron migration / 動原体 / positive regulation of GTPase activity / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron projection development / 遊走 / シナプス小胞 / insulin receptor signaling pathway / 核膜 / cell body / microtubule binding / 微小管 / 神経繊維 / 中心体 / protein-containing complex binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Derewenda, U. / Cooper, D.R. / Kim, M.H. / Derewenda, Z.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2007 タイトル: The Structure of the Coiled-Coil Domain of Ndel1 and the Basis of its Interaction with Lis1, the Causal Protein of Miller-Dieker Lissencephaly. 著者: Derewenda, U. / Tarricone, C. / Choi, W.C. / Cooper, D.R. / Lukasik, S. / Perrina, F. / Tripathy, A. / Kim, M.H. / Cafiso, D.S. / Musacchio, A. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v71.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v71.ent.gz | 61.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v71 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22674.662 Da / 分子数: 2 / 断片: COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 8-193 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PHIS PARALLEL 1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q78PB6 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 134 TO MSE ...ENGINEERED | 配列の詳細 | METHIONINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 18-22% TERT-BUTANOL, 100 MM SODIUM CITRATE PH 6.0, 10 MM COCL2, AND 10 MM SPERMINE. BEFORE FREEZING, TERT-BUTANOL WAS SLOWLY EXCHANGED FOR 30% MPD |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 23115 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.24→123.09 Å / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→123.09 Å
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拘束条件 |
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