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- PDB-2yo0: Salmonella enterica SadA 1049-1304 fused to GCN4 adaptors (SadAK9-cfI) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yo0
タイトルSalmonella enterica SadA 1049-1304 fused to GCN4 adaptors (SadAK9-cfI)
要素GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HANS MOTIF / YADA-LIKE HEAD / YLHEAD / HEAD INSERT MOTIF / HIM / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN / TAA / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / cell outer membrane / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / protein transport / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain ...Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4 / Autotransporter adhesin SadA
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Complete Fiber Structures of Complex Trimeric Autotransporter Adhesins Conserved in Enterobacteria.
著者: Hartmann, M.D. / Grin, I. / Dunin-Horkawicz, S. / Deiss, S. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.
履歴
登録2012年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0412
ポリマ－34,0051
非ポリマー351
水362
1
A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1236
ポリマ－102,0163
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area32400 Å2
ΔGint-209.8 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.000, 54.000, 306.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2337-

CL

21A-2001-

HOH

31A-2002-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN / AMINO ACID BIOSYNTHESIS REGULATORY PROTEIN / AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT


分子量: 34005.398 Da / 分子数: 1
断片: GCN4 ADAPTOR, RESIDUES 250-278, ADHESIN, RESIDUES 1049-1304
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q8ZL64
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% (V/V) BUTANEDIOL, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月7日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H,K,L10.571
11-H-K,K,-L20.429
反射解像度: 2.8→37.2 Å / Num. obs: 12334 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.59
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 3.22 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCM

1gcm


解像度: 2.8→34.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.781 / SU B: 8.128 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29738 618 5 %RANDOM
Rwork0.22094 ---
obs0.22469 11712 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.15 Å20 Å20 Å2
2--13.15 Å20 Å2
3----26.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 1 2 1989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211998
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.9252715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87733005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4325275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.12427.07989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16815323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.135157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4451.51355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0571.5575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81822165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9673643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6984.5550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.803→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 46 -
Rwork0.211 826 -
obs--97.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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