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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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生物種情報

和名 *1シュードモナス・エルジノーサ, 緑膿菌
名称 *2Pseudomonas aeruginosa
その他の名称 *2別称: Bacillus aeruginosus / Bacillus pyocyaneus ...Bacillus aeruginosus / Bacillus pyocyaneus / Bacterium aeruginosum / Bacterium pyocyaneum / Micrococcus pyocyaneus / probable synonym or variety: "Pseudomonas polycolor" Clara 1930 / Pseudomonas polycolor / Pseudomonas pyocyanea / includes: bacterium ASFP-37 / bacterium ASFP-38 ...bacterium ASFP-37 / bacterium ASFP-38 / bacterium ASFP-45 / bacterium ASFP-46 / bacterium ASFP-48 / bacterium CRM125 / Pseudomonas sp. 2_1_26 / Pseudomonas sp. ACP_02 / Pseudomonas sp. CRRI 93 / Pseudomonas sp. HSA1/2016 / Pseudomonas sp. NCIM 2036 / Pseudomonas sp. NCIM 2862 / Pseudomonas sp. PR_01 / Pseudomonas sp. PSE5 / Pseudomonas sp. RV3 / Pseudomonas sp. UFT2/2016 / その他: ATCC 10145 / ATCC 10145-U ...ATCC 10145 / ATCC 10145-U / "Bacillus aeruginosus" (Schroeter 1872) Trevisan 1885 / "Bacillus pyocyaneus" (Zopf 1884) Flugge 1886 / "Bacterium aeruginosum" Cohn 1872 / "Bacterium aeruginosum" Schroeter 1872 / "Bacterium pyocyaneum" (Zopf 1884) Lehmann and Neumann 1896 / CCEB 481 / CCUG 28447 / CCUG 29297 / CCUG 551 / CFBP 2466 / CIP 100720 / culture-collection:NRRL:B:771 / culture-collection:VKM:B:588 / DSM 50071 / IBCS 277 / ICPB 2523 / IFO 12689 / JCM 5962 / LMG 1242 / LMG:1242 / "Micrococcus pyocyaneus" Zopf 1884 / NBRC 12689 / NCCB 76039 / NCIB 8295 / NCIB:8295 / NCIMB 8295 / NCTC 10332 / NRRL B-771 / Pseudomonas aeruginosa (Schroeter 1872) Migula 1900 (Approved Lists 1980) / Pseudomonas aeruginosa (Schroeter 1872) Migula 1900 (Approved Lists 1980) emend. Rudra et al. 2022 / "Pseudomonas pyocyanea" (Zopf 1884) Migula 1895 / RH 815 / VKM B-588
構造データでの名称Pseudomonas aeruginos
NCBI Taxonomy ID287
系統 *2細胞生物 > バクテリア > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Pseudomonadales > Pseudomonadaceae > Pseudomonas > Pseudomonas aeruginosa group
ウィキペディア
コメントバクテリア
出典*1: DBCLSメタ用語集-翻訳用テーブル-学名と和名の対応 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
*2: NCBI Taxonomy

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EMDB エントリ (130)

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PDB エントリ (2068)

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SASBDB エントリ (3)

全3件を表示しています

SASDAC8:
SDS hydrolase SdsA1 (Pseudomonas aeruginosa SDS hydrolase SdsA1)

SASDDB8:
Periplasmic domain of inner membrane protein GspL, dimer

SASDDC8:
Periplasmic domain of inner membrane protein GspL, tetramer

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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