[日本語] English
万見
- PDB-1ewz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXA-10 BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ewz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE OXA-10 BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素BETA LACTAMASE OXA-10
キーワードHYDROLASE / alpha/beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase OXA-10
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Golemi, D. / Maveyraud, L. / Vakulenko, S. / Tranier, S. / Ishiwata, A. / Kotra, L.P. / Samama, J.P. / Mobashery, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: The First Structural and Mechanistic Insights for Class D beta-Lactamases: Evidence for a Novel Catalytic Process for Turnover of beta-Lactam Antibiotics
著者: Golemi, D. / Maveyraud, L. / Vakulenko, S. / Tranier, S. / Ishiwata, A. / Kotra, L.P. / Samama, J.P. / Mobashery, S.
履歴
登録2000年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA LACTAMASE OXA-10
B: BETA LACTAMASE OXA-10
C: BETA LACTAMASE OXA-10
D: BETA LACTAMASE OXA-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0974
ポリマ－110,0974
非ポリマー00
水8,305461
1
A: BETA LACTAMASE OXA-10
C: BETA LACTAMASE OXA-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0492
ポリマ－55,0492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
2
B: BETA LACTAMASE OXA-10
D: BETA LACTAMASE OXA-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0492
ポリマ－55,0492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.415, 82.395, 101.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a homodimer. There are two such dimers in the asymmetric unit. One functional assembly is constructed from chain A and a symmetry partner of chain C. The second dimer is constructed from chain B and a symmetry partner of chain D. The symmetry transformation that applies to chain C is: 1.00000 0.00000 0.00000 -66.41500 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 The symmetry transformation that applies to chain D is: -1.00000 0.00000 0.00000 -19.10086 0.00000 1.00000 0.00000 41.19710 0.00000 0.00000 -1.00000 202.07501

-
要素

#1: タンパク質
BETA LACTAMASE OXA-10 / OXA-10


分子量: 27524.291 Da / 分子数: 4 / 断片: FULL LENGTH FUNCTIONAL ENZYME / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PET24A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14489, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, Tris, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.83996
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.83996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→31.22 Å / Num. all: 41455 / Num. obs: 41455 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Num. unique all: 5619 / % possible all: 91.7
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.4→31.22 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2101 -RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.19 41436 --
obs0.19 41436 98.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→31.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7569 0 0 461 8030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor all: 0.19 / Rfactor obs: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.007

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る