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- PDB-3lce: Crystal Structure of Oxa-10 Beta-Lactamase Covalently Bound to Cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lce
タイトルCrystal Structure of Oxa-10 Beta-Lactamase Covalently Bound to Cyclobutanone Beta-Lactam Mimic
要素Beta-lactamase OXA-10
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / beta-lactamase inhibitor / beta-lactam mimic / cyclobutanone / hemiketal / Antibiotic resistance / Disulfide bond / Plasmid / Transposable element
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LCE / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase OXA-10
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / REFMAC rigid body refinement / 解像度: 2 Å
データ登録者Gretes, M. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Cyclobutanone Analogues of beta-Lactams Revisited: Insights into Conformational Requirements for Inhibition of Serine- and Metallo-beta-Lactamases.
著者: Johnson, J.W. / Gretes, M. / Goodfellow, V.J. / Marrone, L. / Heynen, M.L. / Strynadka, N.C. / Dmitrienko, G.I.
履歴
登録2010年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-10
B: Beta-lactamase OXA-10
C: Beta-lactamase OXA-10
D: Beta-lactamase OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,01419
ポリマ－110,2694
非ポリマー1,74515
水16,520917
1
A: Beta-lactamase OXA-10
C: Beta-lactamase OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8698
ポリマ－55,1352
非ポリマー7346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase OXA-10
D: Beta-lactamase OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,14511
ポリマ－55,1352
非ポリマー1,0119
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.700, 82.544, 102.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase OXA-10 / Beta-lactamase PSE-2


分子量: 27567.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: AH / 参照: UniProt: P14489, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-LCE / (1S,3S,4S,5S)-7,7-dichloro-3-methoxy-2-thiabicyclo[3.2.0]heptan-6-one-4-carboxylic acid / (1S,3S,4S,5S)-7,7-dichloro-3-methoxy-6-oxo-2-thiabicyclo[3.2.0]heptane-4-carboxylic acid / (1β,5β)-3β-メトキシ-6,6-ジクロロ-7-オキソ-4-チアビシクロ[3.2.0]ヘプタン-2β-カルボン酸


分子量: 271.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8Cl2O4S
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M sodium potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.917→102.062 Å / Num. all: 84571 / Num. obs: 84571 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 36298 / Num. unique all: 11881 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.5.0066位相決定
精密化構造決定の手法: REFMAC rigid body refinement
開始モデル: PDB entry 1e4d

1e4d


解像度: 2→102.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.87 / SU B: 3.682 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / SU Rfree: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3651 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.181 73266 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.78 Å2 / Biso mean: 20.045 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0 Å2-0.48 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→102.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7862 0 106 917 8885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.95911010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66351004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48225.14358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.033151442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7111533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.991.54956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73828003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02533182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9034.53003
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 268 -
Rwork0.23 5121 -
all-5389 -
obs--99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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