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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wq3 | ||||||
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タイトル | GCN4 leucine zipper mutant with three IxxNTxx motifs coordinating chloride and nitrate | ||||||
要素 | GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TAA / NUCLEUS (細胞核) / COILED COIL (コイルドコイル) / DNA-BINDING / PROTEIN EXPORT / ION COORDINATION / POLAR CORE RESIDUES / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Lupas, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: A Coiled-Coil Motif that Sequesters Ions to the Hydrophobic Core. 著者: Hartmann, M.D. / Ridderbusch, O. / Zeth, K. / Albrecht, R. / Testa, O. / Woolfson, D.N. / Sauer, G. / Dunin-Horkawicz, S. / Lupas, A.N. / Alvarez, B.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wq3.cif.gz | 30 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wq3.ent.gz | 21.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wq3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3967.468 Da / 分子数: 1 / 断片: COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 249-281 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 257 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 260 TO ASN ...ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 25,5% (W/V) PEG 4000, 15% (V/V) GLYCEROL, 170MM NA-ACETATE, 90MM TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.992 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→23 Å / Num. obs: 9094 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.3 Å / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WQ1 解像度: 1.22→23.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.496 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→23.14 Å
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拘束条件 |
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