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Yorodumi- PDB-6z0l: Het-N2 - De novo designed three-helix heterodimer with Cysteine a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z0l | ||||||||||||
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Title | Het-N2 - De novo designed three-helix heterodimer with Cysteine at the N2 position of the alpha-helix | ||||||||||||
Components |
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Keywords | DE NOVO PROTEIN / Acyl Transfer Activity / Domain Swapped Dimer / Oxyanion-Binding Site | ||||||||||||
Function / homology | : Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.33 Å | ||||||||||||
Authors | McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Naudin, E.A. / DeGrado, W.F. / Torbeev, V. | ||||||||||||
Funding support | European Union, France, 3items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2021 Title: Acyl Transfer Catalytic Activity in De Novo Designed Protein with N-Terminus of alpha-Helix As Oxyanion-Binding Site. Authors: Naudin, E.A. / McEwen, A.G. / Tan, S.K. / Poussin-Courmontagne, P. / Schmitt, J.L. / Birck, C. / DeGrado, W.F. / Torbeev, V. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6z0l.cif.gz | 156.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6z0l.ent.gz | 126.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6z0l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0l | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6z0mC 7beyC 1g6uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 5462.353 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Protein/peptide | Mass: 5325.046 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-CD / #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 30% PEG 400, 0.1 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.968 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Oct 20, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.968 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.17→37.77 Å / Num. obs: 14582 / % possible obs: 73.8 % / Redundancy: 3.283 % / Biso Wilson estimate: 53.737 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rrim(I) all: 0.307 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 2.97 / Num. measured all: 47878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1G6U Resolution: 2.33→37.77 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 27.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.1 Å2 / Biso mean: 34.1864 Å2 / Biso min: 2.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.33→37.77 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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