PDB-2ccn: pLI E20C is antiparallel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ccn

タイトル

pLI E20C is antiparallel

要素

General control protein GCN4

キーワード

FOUR HELIX BUNDLE / ANTIPARALLEL / PARALLEL / PLI / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yadav, M.K. / Leman, L.J. / Price, D.J. / Brooks 3rd, C.L. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Coiled coils at the edge of configurational heterogeneity. Structural analyses of parallel and antiparallel homotetrameric coiled coils reveal configurational sensitivity to a single ...
著者: Yadav, M.K. / Leman, L.J. / Price, D.J. / Brooks 3rd, C.L. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R.

履歴

登録	2006年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2006年4月6日	ID: 1VZL
改定 1.0	2006年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name
改定 1.4	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ccn.cif.gz	27.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ccn.ent.gz	19.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ccn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/2ccn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/2ccn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w5hC 1w5jC 1w5kC 1w5lC 2cceC 2ccfC 1ce9 1dgc 1env 1fav 1gcl 1gcm 1gk6 1gzl 1ihq 1ij0 1ij1 1ij2 1ij3 1kql 1ld4 1llm 1nkn 1piq 1rb4 1rb5 1rb6 1swi 1tmz 1unt 1unu 1unv 1unw 1unx 1uny 1unz 1uo0 1uo1 1uo2 1uo3 1uo4 1uo5 1w5g 1w5i 1ysa 1zii 1zij 1zik 1zil 1zim 1zta 2bni 2dgc 2zta 3k7z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w5j-1 1w5j-2 1w5k-2 1unx-1 2fup-d 5af4-3 3lfp-d 2r2v-1 1w5k-1 5znd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control protein GCN4

B: General control protein GCN4

8.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: General control protein GCN4

B: General control protein GCN4

A: General control protein GCN4

B: General control protein GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.388, 35.384, 104.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2020- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein 分子量: 4046.866 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 249-281 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 268 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 268 TO CYS
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化	pH: 10.5 / 詳細: 100MM CAPS PH 10.5, 30% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 180 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→34.77 Å / Num. obs: 9395 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.29 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 27.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→51.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 1.572 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N TERMINUS OF PEPTIDE IS ACETYLATED WITH ACETIC ANHYDRIDE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	447	4.8 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	8913	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	520	0	0	83	603

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.452	35
R_work	0.377	605

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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