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- PDB-1env: ATOMIC STRUCTURE OF THE ECTODOMAIN FROM HIV-1 GP41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1env
タイトルATOMIC STRUCTURE OF THE ECTODOMAIN FROM HIV-1 GP41
要素HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO TWO FRAGMENTS OF GP41
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL FUSION / COAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / symbiont-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / symbiont-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Weissenhorn, W. / Dessen, A. / Harrison, S.C. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Atomic structure of the ectodomain from HIV-1 gp41.
著者: Weissenhorn, W. / Dessen, A. / Harrison, S.C. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
履歴
登録1997年6月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref.db_code ..._pdbx_database_status.process_site / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO TWO FRAGMENTS OF GP41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7101
ポリマ－14,7101
非ポリマー00
水21612
1
A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO TWO FRAGMENTS OF GP41

A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO TWO FRAGMENTS OF GP41

A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO TWO FRAGMENTS OF GP41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1293
ポリマ－44,1293
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.350, 52.350, 414.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO TWO FRAGMENTS OF GP41 / Env polyprotein


分子量: 14709.765 Da / 分子数: 1 / 断片: GCN4 IS RESIDUES 1 - 29, GP41 IS RESIDUES 30 - 154 / 変異: L2I, V61, L9I, N13I, L16I, V20I, L23I, V27I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
断片: 30 - 154 / 遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C, env / 属: Saccharomyces / 遺伝子 (発現宿主): GP41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03377
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS STRUCTURE IS A CHIMERA. IT STARTS AT THE N-TERMINUS WITH 31 RESIDUES FROM YEAST GCN4 FOLLOWED ...THIS STRUCTURE IS A CHIMERA. IT STARTS AT THE N-TERMINUS WITH 31 RESIDUES FROM YEAST GCN4 FOLLOWED BY 50 RESIDUES FROM GP41 AND 42 ADDITIONAL RESIDUES FROM GP41, FOR A A TOTAL OF 123 RESIDUES AS SHOWN ON SEQRES. 115 OF THESE RESIDUES WERE LOCATED AND ARE PRESENTED IN THIS ENTRY. DBREF RECORDS BELOW CAN BE USED TO ASSOCIATE THE RESIDUES PRESENT IN THIS ENTRY WITH THE CORRESPONDING SWISSPROT ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化pH: 8
詳細: 20 MM HEPES PH 8.0 1.1 M AMMONIUM SULFATE 12% ETHYLENE GLYCOL SPACE GROUP R32 IN HEXAGONAL SETTING
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
220 mg/mlHEPES1drop
375 mM1dropNaCl
4100 mMHEPES1reservoir
51.1 Mammonium sulfate1reservoir
612 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 8130 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.45 % / Biso Wilson estimate: 59.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 674 10 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 6432 90.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 0 12 947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 88 10 %
Rwork0.244 695 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19M.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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