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Yorodumi- PDB-6p2a: Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p2a | ||||||
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Title | Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4 gp5 beta-helix fragment | ||||||
Components | CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Bacteriophage OBP / membrane piercing / central spike / cell puncturing device / beta helix / T4 gp5 / contractile injection system | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T4 (virus) Pseudomonas phage OBP (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4 gp5 beta-helix fragment Authors: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. #1: Journal: Nature / Year: 2013 Title: PAAR-repeat proteins sharpen and diversify the type VI secretion system spike. Authors: Shneider, M.M. / Buth, S.A. / Ho, B.T. / Basler, M. / Mekalanos, J.J. / Leiman, P.G. #2: Journal: Viruses / Year: 2015 Title: Structure and Biophysical Properties of a Triple-Stranded Beta-Helix Comprising the Central Spike of Bacteriophage T4. Authors: Buth, S.A. / Menin, L. / Shneider, M.M. / Engel, J. / Boudko, S.P. / Leiman, P.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p2a.cif.gz | 535.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6p2a.ent.gz | 448.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p2a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6p2a_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6p2a_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6p2a_validation.xml.gz | 49.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6p2a_validation.cif.gz | 73.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jj2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 15188.354 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus), (gene. exp.) Pseudomonas phage OBP (virus) Plasmid: PEEVA2 / Gene: 5, OBP_146 / Details (production host): a PET-23A DERIVATIVE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): B834 / References: UniProt: P16009, UniProt: G9IA38, lysozyme |
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-Non-polymers , 6 types, 1208 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | T4 GP5 BETA HELIX FRAGMENT GP5G484-S559 EXTENDED BY A K259-A326 C-TERMINAL FRAGMENT FROM OBP GP146 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: PEG3350 18-20% 100 mM Ammonium citrate / PH range: 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 3, 2013 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.502 Å / Num. obs: 193033 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02825 / Rpim(I) all: 0.02825 / Rrim(I) all: 0.03996 / Net I/σ(I): 19.65 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique obs: 19193 / CC1/2: 0.922 / Rpim(I) all: 0.175 / Rrim(I) all: 0.2475 / % possible all: 99.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JJ2 Resolution: 1.9→49.502 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / Phase error: 13.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.502 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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