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Yorodumi- PDB-2hb0: Crystal Structure of CfaE, the Adhesive Subunit of CFA/I Fimbria ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hb0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of CfaE, the Adhesive Subunit of CFA/I Fimbria of Enterotoxigenic Escherichia coli | ||||||
Components | CFA/I fimbrial subunit E | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / CfaE / Adhesin / ETEC / CFA/I / Traveler's Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Li, Y.F. / Xia, D. / Poole, S. / Rasulova, F. / Savarino, S.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2007 Title: A receptor-binding site as revealed by the crystal structure of CfaE, the colonization factor antigen I fimbrial adhesin of enterotoxigenic Escherichia coli. Authors: Li, Y.F. / Poole, S. / Rasulova, F. / McVeigh, A.L. / Savarino, S.J. / Xia, D. #1: Journal: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / Year: 2006 Title: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of CfaE, the adhesive subunit of the CFA/I fimbriae from human enterotoxigenic Escherichia coli. Authors: Li, Y.F. / Poole, S. / Rasulova, F. / Esser, L. / Savarino, S.J. / Xia, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2hb0.cif.gz | 162.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2hb0.ent.gz | 134 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2hb0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2hb0_validation.pdf.gz | 407.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2hb0_full_validation.pdf.gz | 421.7 KB | Display | |
Data in XML | 2hb0_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2hb0_validation.cif.gz | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hb0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 3
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-Components
#1: Protein | Mass: 40988.957 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: cfaE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P25734 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.18 Å3/Da / Density % sol: 70.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 10% PEGMME 550, 0.1M sodium HEPES, 1.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 10, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→50 Å / Num. obs: 63021 / % possible obs: 74.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.68 / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.154 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.447 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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