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- PDB-5j6p: Crystal Structure of Mis18(17-118) from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j6p
タイトルCrystal Structure of Mis18(17-118) from Schizosaccharomyces pombe
要素Kinetochore protein mis18
キーワードCELL CYCLE / Mis18 / centromere assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


CENP-A recruiting complex / CENP-A containing chromatin assembly / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore / cell division / chromatin / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mis18 domain / Mis18 domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein mis18
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, C. / Shao, C. / Zhang, M. / Zhang, X. / Zang, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mis18(17-118) from Schizosaccharomyces pombe
著者: Shao, C. / Wang, C. / Zhang, M. / Zhang, X. / Zang, J.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_site / struct_site_gen
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Kinetochore protein mis18
A: Kinetochore protein mis18
C: Kinetochore protein mis18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5856
ポリマ－38,3893
非ポリマー1963
水543
1
B: Kinetochore protein mis18
A: Kinetochore protein mis18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7234
ポリマ－25,5922
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
2
C: Kinetochore protein mis18
ヘテロ分子

C: Kinetochore protein mis18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7234
ポリマ－25,5922
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x,x-y-1,-z-11
Buried area1290 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.568, 120.568, 73.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Kinetochore protein mis18


分子量: 12796.233 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 18-118 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mis18, SPCC970.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P802
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.51 % / 解説: rhombus
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 20% PEG 3350, 0.4M 1,6-Hexanediol, 0.1M Tris pH 8.5, 4% Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→60.39 Å / Num. obs: 18911 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 14.024 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29436 971 5.1 %RANDOM
Rwork0.22518 ---
obs0.22849 17884 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.21 Å21.6 Å20 Å2
2--3.21 Å2-0 Å2
3----10.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 3 3 2431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.021.9453338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1735170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.585299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.49524.524126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.2615429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5751515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.4798.2791205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.4718.2761204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.14912.4081501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.14612.4111502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9298.8551265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.9278.8561266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.99113.0631838
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.07165.6972682
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.06965.7132683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.516 72 -
Rwork0.45 1287 -
obs--96.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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