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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfs
タイトルDesign of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering
要素Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B
キーワードPROTEIN BINDING / LRR / plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synapse assembly / axonogenesis / membrane
類似検索 - 分子機能
Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kim, H.J. / Cheong, H.K. / Jeon, Y.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Design of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering
著者: Lee, S.C. / Park, K. / Han, J. / Lee, J.J. / Kim, H.J. / Hong, S. / Heu, W. / Kim, Y.J. / Ha, J.S. / Lee, S.G. / Cheong, H.K. / Jeon, Y.H. / Kim, D. / Kim, H.S.
履歴
登録2011年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B
B: Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9004
ポリマ－60,8512
非ポリマー492
水3,927218
1
A: Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4502
ポリマ－30,4251
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4502
ポリマ－30,4251
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.733, 107.693, 71.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B


分子量: 30425.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera of Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ), (組換発現) synthetic (人工物)
株: 08-5923 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2P9A6, UniProt: Q4G1L3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE 66-179 REPRESENTS CONSENSUS DESIGNED REPEAT MODULES. THE SEQUENCES OF REPEAT MOLDUES IS ...THE RESIDUE 66-179 REPRESENTS CONSENSUS DESIGNED REPEAT MODULES. THE SEQUENCES OF REPEAT MOLDUES IS BASED ON VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTORS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→33.83 Å / Num. all: 52267 / Num. obs: 49492 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→33.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 2.288 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24206 2657 5.1 %RANDOM
Rwork0.19682 ---
obs0.19911 49492 99.47 %-
all-52267 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.544 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.04 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 2 218 4340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0971.9765710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6115524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.8626.304184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06815752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0361512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2461.52624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17924268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.74631572
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9884.51442
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 201 -
Rwork0.238 3526 -
obs--96.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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