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- PDB-1nwp: CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF AZURIN FROM PSEUDOMONAS PUTIDA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nwp
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF AZURIN FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
要素AZURIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / CUPREDOXIN / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mathews, F.S. / Chen, Z.-W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallographic study of azurin from Pseudomonas putida.
著者: Chen, Z.W. / Barber, M.J. / McIntire, W.S. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1993
タイトル: The Amino Acid Sequence of Pseudomonas Putida Azurin
著者: Barber, M.J. / Trimboli, A.J. / Mcintire, W.S.
履歴
登録1997年9月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AZURIN
B: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8648
ポリマ－27,4752
非ポリマー3896
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: AZURIN
ヘテロ分子

B: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8648
ポリマ－27,4752
非ポリマー3896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
Buried area640 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
3
B: AZURIN
ヘテロ分子

A: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8648
ポリマ－27,4752
非ポリマー3896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area730 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.760, 51.220, 54.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AZURIN


分子量: 13737.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: NCIB 9869 / 参照: UniProt: P34097
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING DROP METHOD AT 4 C BY MIXING 5 MICROLITER PROTEIN AT 10- 15MG PER ML WITH PEG8000 SOLUTION CONTAINING 5MM TRIS-HCL BUFFER, PH 5 MICROLITER 30-36% 6.5-7.5 ,100MM NACL AND 180MM ZINC ...詳細: HANGING DROP METHOD AT 4 C BY MIXING 5 MICROLITER PROTEIN AT 10- 15MG PER ML WITH PEG8000 SOLUTION CONTAINING 5MM TRIS-HCL BUFFER, PH 5 MICROLITER 30-36% 6.5-7.5 ,100MM NACL AND 180MM ZINC ACETATE., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
PH範囲: 6.5-7.5
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7.5 mg/mlprotein1drop
215-18 %PEG80001drop
32.5 mMTris-HCl1drop
450 mM1dropNaCl
530-36 %PEG80001reservoir
65 mMTris-HCl1reservoir
7100 mM1reservoirNaCl
8180 mMzinc acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年4月1日 / 詳細: CU KA RADIATION
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 27846 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.72 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 78
反射
*PLUS
Num. measured all: 241088

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ソフトウェアFROM HAMLIN MULTIWIRE AREA DETECTORデータ収集
ソフトウェアFROM HAMLIN MULTIWIRE AREA DETECTORデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
HAMLINデータ削減
HAMLINデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AZURIN FROM ALCALIGENES DENITRIFICANS (ENTRY NO. 2AZA)

2aza


解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 1.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 -9.3 %
Rwork0.181 --
obs0.181 26978 93.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1916 0 6 222 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.975
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.03
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.18
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 -5.8 %
Rwork0.272 1768 -
obs--57.76 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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