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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ov8 | ||||||
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Title | Auracyanin B structure in space group, P65 | ||||||
![]() | Auracyanin B | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
Function / homology | ![]() photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity / electron transfer activity / copper ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, M. / Maher, M.J. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Auracyanin B structure in space group P6(5). Authors: Lee, M. / Maher, M.J. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 125.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 97.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 461.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1qhqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14410.964 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: N-terminal soluble domain / Source method: isolated from a natural source / Details: Thermophilic green photosynthetic bacterium / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 2.25 M Lithium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 1, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.08 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 64839 / Num. obs: 64839 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.8 |
Reflection | *PLUS Num. obs: 63349 / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 458718 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 96.8 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1QHQ Resolution: 1.9→26.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.369 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.119 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.424 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→26.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5.1.24 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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