PDB-5jp5: Crystal structure of rat Galectin 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jp5

タイトル

Crystal structure of rat Galectin 5

要素

Galectin-5

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin carbohydrate recognition jellyroll topology

機能・相同性

機能・相同性情報

lactose binding / galactoside binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of type II interferon production / carbohydrate binding / positive regulation of gene expression / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ruiz, F.M. / Romero, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Rat Galectin-5, an N-Tailed Monomeric Proto-Type-like Galectin.
著者: Ruiz, F.M. / Medrano, F.J. / Ludwig, A.K. / Kaltner, H. / Shilova, N.V. / Bovin, N.V. / Gabius, H.J. / Romero, A.

履歴

登録	2016年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jp5.cif.gz	194.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jp5.ent.gz	155.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jp5_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jp5_full_validation.pdf.gz	488 KB	表示
XML形式データ	5jp5_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	5jp5_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/5jp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/5jp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jpgC 7p8hC 3nv1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m2m-1 4q26-3 2lba-d 3ef4-1 1buz-d 1ov8-3 1qhq-d 4zxe-2 4q27-2 1ov8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-5

B: Galectin-5

C: Galectin-5

D: Galectin-5

E: Galectin-5

F: Galectin-5

ヘテロ分子

97.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Galectin-5

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Galectin-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Galectin-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Galectin-5

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Galectin-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.088, 68.124, 95.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Galectin-5 / Gal-5 / RL-18 分子量: 16212.335 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lgals5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47967
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 100 mM Tris pH 7.0, 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→33.03 Å / Num. obs: 92950 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.01
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NV1

3nv1

解像度: 1.7→33.027 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	4661	5.02 %
R_work	0.1741	-	-
obs	0.1761	92868	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6558	0	28	849	7435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.801	9409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.935	4166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1037
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2981	144	0.2494	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.2855	170	0.2364	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.2631	144	0.2237	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.783	0.2531	157	0.217	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8065	0.2481	145	0.2032	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8312	0.2533	147	0.2056	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.8574	0.2531	154	0.1955	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8851	0.2284	177	0.1833	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9146	0.2346	153	0.1847	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2303	163	0.1909	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9795	0.2236	163	0.1863	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0155	0.2108	150	0.1852	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.2359	149	0.1827	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.2253	153	0.1809	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2359	141	0.1766	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.2303	165	0.1785	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2464	0.1998	153	0.1749	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.3071	0.2347	153	0.1701	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.375	0.2138	181	0.1686	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4516	0.2128	143	0.1699	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4516-2.5392	0.2156	154	0.1681	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5392-2.6408	0.2579	158	0.1729	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6408-2.7609	0.1871	177	0.174	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7609-2.9064	0.2166	157	0.1751	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9064-3.0884	0.2003	155	0.1638	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0884-3.3267	0.2175	162	0.162	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3267-3.661	0.2035	139	0.1574	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.661-4.1899	0.1678	152	0.1483	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1899-5.2754	0.1385	141	0.1398	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2754-33.0332	0.2469	161	0.1933	2989	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)