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万見
- PDB-3m2m: Rat galectin-1 complex with lactose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m2m
タイトルRat galectin-1 complex with lactose
要素Galectin-1
キーワードCarbohydrate-binding protein / galectin-1 / lectin / beta sandwich / Extracellular matrix / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of erythrocyte aggregation / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / myoblast differentiation / plasma cell differentiation / response to isolation stress / negative regulation of cell-substrate adhesion ...positive regulation of erythrocyte aggregation / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / myoblast differentiation / plasma cell differentiation / response to isolation stress / negative regulation of cell-substrate adhesion / response to axon injury / laminin binding / T cell costimulation / cellular response to glucose stimulus / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / negative regulation of neuron projection development / carbohydrate binding / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of apoptotic process / receptor ligand activity / response to xenobiotic stimulus / apoptotic process / cell surface / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Galectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lobsanov, Y.D. / Rini, J.M. / Leffler, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Monovalent interactions of galectin-1.
著者: Salomonsson, E. / Larumbe, A. / Tejler, J. / Tullberg, E. / Rydberg, H. / Sundin, A. / Khabut, A. / Frejd, T. / Lobsanov, Y.D. / Rini, J.M. / Nilsson, U.J. / Leffler, H.
履歴
登録2010年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Galectin-1
B: Galectin-1
C: Galectin-1
D: Galectin-1
E: Galectin-1
F: Galectin-1
G: Galectin-1
H: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,90013
ポリマ－118,1898
非ポリマー1,7115
水00
1
A: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1162
ポリマ－14,7741
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Galectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7741
ポリマ－14,7741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1162
ポリマ－14,7741
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1162
ポリマ－14,7741
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1162
ポリマ－14,7741
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Galectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7741
ポリマ－14,7741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Galectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7741
ポリマ－14,7741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1162
ポリマ－14,7741
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
A: Galectin-1
B: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8903
ポリマ－29,5472
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
C: Galectin-1
D: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2324
ポリマ－29,5472
非ポリマー6852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
E: Galectin-1
F: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8903
ポリマ－29,5472
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
G: Galectin-1
H: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8903
ポリマ－29,5472
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.100, 58.600, 121.600
Angle α, β, γ (deg.)101.100, 91.600, 110.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Galectin-1 / Gal-1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Lactose- ...Gal-1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Lactose-binding lectin 1 / S-Lac lectin 1 / Galaptin / 14 kDa lectin / RL 14.5


分子量: 14773.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lgals1 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11762
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 30mM NaOAc, PEG 4K 15-17%, 4mM 2-mercaptoethanol, 100mM lactose, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→500 Å / Num. all: 15682 / Num. obs: 15682 / % possible obs: 73.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.95→3.08 Å / % possible all: 42.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MERLOT位相決定
GLRF位相決定
INTREF位相決定
X-PLOR位相決定
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystals show a pseudo-centred packing arrangement and diffract x-rays anisotropically and although data to 2.95 A was included in the refinement, weak and/or missing reflections lead to ...詳細: The crystals show a pseudo-centred packing arrangement and diffract x-rays anisotropically and although data to 2.95 A was included in the refinement, weak and/or missing reflections lead to an effective resolution of 3.4 A (with a 2 sigma cutoff) as calculated by DATAMAN ("Software and Resources for Macromolecular Crystallography and Structural Biology" program package from the Uppsala Software Factory). NCS was used in the refinement of this structure as follows. Group 1: chains A, C, D, E and H. Group 2: chains B, F and G with the exception of residues 49, 50, 69-74 and 81 in each chain. Group 1: weight = 300, target sigma = 2, rmsd for NCS B restraints = 1.049. Group 2: weight = 300, target sigma = 2, rmsd for NCS B restraints = 0.967. The positional rmsd's between monomers are: A-C = 0.0274, A-D = 0.0986, A-E = 0.0317. A-H = 0.1001, B-F = 0.0293, and B-G = 0.0257.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1076 5.1 %Random
Rwork0.206 ---
all0.233 15682 --
obs0.233 15682 73.7 %-
溶媒の処理Bsol: 12.947 Å2
原子変位パラメータBiso max: 68.12 Å2 / Biso mean: 28.005 Å2 / Biso min: 8.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.904 Å23.235 Å2-7.271 Å2
2---4.588 Å2-1.972 Å2
3----1.316 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7961 0 115 0 8076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4642
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.432.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.33
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep+cso.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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