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- PDB-3ef4: Crystal structure of native pseudoazurin from Hyphomicrobium deni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ef4
タイトルCrystal structure of native pseudoazurin from Hyphomicrobium denitrificans
要素Blue copper protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / copper / electron transfer / blue copper protein
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Hira, D. / Nojiri, M. / Suzuki, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Atomic resolution structure of pseudoazurin from the methylotrophic denitrifying bacterium Hyphomicrobium denitrificans: structural insights into its spectroscopic properties
著者: Hira, D. / Nojiri, M. / Suzuki, S.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue copper protein
B: Blue copper protein
C: Blue copper protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,38721
ポリマ－40,7723
非ポリマー1,61518
水9,008500
1
A: Blue copper protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0346
ポリマ－13,5911
非ポリマー4435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Blue copper protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2248
ポリマ－13,5911
非ポリマー6337
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Blue copper protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1297
ポリマ－13,5911
非ポリマー5386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.690, 50.623, 82.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-520-

HOH

21C-579-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Blue copper protein / pseudoazurin


分子量: 13590.666 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A7VL37
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 3.2M Ammonium Phosphate, 0.05M Potassium Phosphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月13日
放射モノクロメーター: double Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→49.2 Å / Num. all: 132934 / Num. obs: 132934 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 43.59
反射 シェル解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREPREFMAC SHELX位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1adw

1adw


解像度: 1.18→44.95 Å / Num. parameters: 32026 / Num. restraintsaints: 45026 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 6376 5.27 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs0.135 121025 95.8 %-
all-132934 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 30 / Occupancy sum hydrogen: 2724 / Occupancy sum non hydrogen: 3402
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2879 0 83 519 3481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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