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- PDB-6gmp: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PPIASE DOMAIN OF TBPAR42 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PPIASE DOMAIN OF TBPAR42
要素PARVULIN 42
キーワードISOMERASE / PPIASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Chitinase A; domain 3 - #40 / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily ...: / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Chitinase A; domain 3 - #40 / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Chitinase A; domain 3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Hoenig, D. / Rute, A. / Hofmann, E. / Bayer, P. / Gasper, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research FoundationResearch Training Group 1431 ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / : 2019
タイトル: Structural Analysis of the 42 kDa Parvulin ofTrypanosoma brucei.
著者: Rehic, E. / Hoenig, D. / Kamba, B.E. / Goehring, A. / Hofmann, E. / Gasper, R. / Matena, A. / Bayer, P.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.country / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PARVULIN 42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6761
ポリマ-13,6761
非ポリマー00
2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.640, 69.960, 102.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

21A-485-

HOH

31A-521-

HOH

41A-528-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PARVULIN 42


分子量: 13676.392 Da / 分子数: 1 / 断片: PPIASE DOMAIN (UNP RESIDUES 263-383) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb927.7.2480 / プラスミド: PET41B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57XM6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 23 % PEG 4000, 100 MM NAACETATE / PH範囲: 7.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.970919 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.970919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→18.5 Å / Num. obs: 22021 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.37 % / Biso Wilson estimate: 22.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 32.73
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PIN1

解像度: 1.35→18.46 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1101 5 %
Rwork0.166 --
obs0.168 22021 94.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→18.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数938 0 0 135 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1351368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.88394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.41150.3311990.31681892X-RAY DIFFRACTION71
1.4115-1.48580.28531290.23512447X-RAY DIFFRACTION90
1.4858-1.57890.23931420.20362702X-RAY DIFFRACTION99
1.5789-1.70070.23421430.2042717X-RAY DIFFRACTION100
1.7007-1.87170.25291440.18692743X-RAY DIFFRACTION100
1.8717-2.14220.20881450.17112746X-RAY DIFFRACTION100
2.1422-2.69760.21951460.16842776X-RAY DIFFRACTION100
2.6976-18.46350.18071530.14692897X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6118-0.3191-0.55794.22780.51313.5074-0.0674-0.41090.02890.5722-0.07780.027-0.23-0.11780.10970.25970.0115-0.0290.24920.03190.1578.89797.4915-6.5966
28.3019-1.76325.44948.6139-0.85594.95840.0364-1.1381-0.55630.552-0.1276-0.17470.3113-0.02030.13720.21720.01890.05060.27250.06070.258517.2402-7.6586-14.7332
32.83290.3989-3.87835.50292.41197.0574-0.0999-0.4131-0.82980.3457-0.21540.64140.36890.04120.3180.15030.00780.03650.1962-0.0070.26094.5805-4.5884-18.5061
46.56483.56161.79318.2821-0.30651.40590.02020.0164-0.6828-0.0306-0.15520.48920.1395-0.10860.17710.17710.00440.02790.1669-0.00790.314213.697-8.1176-21.1562
53.2994-2.8199-1.46493.93841.6222.52440.07750.05660.2338-0.2238-0.0831-0.096-0.4503-0.0127-0.02080.2485-0.02-0.0250.19310.0160.220514.721911.3985-20.0733
62.27130.53260.9643.4164-0.24235.0795-0.0443-0.3145-0.08740.3942-0.1282-0.0113-0.2457-0.05560.14480.1578-0.0055-0.00340.17640.03580.14478.73115.914-8.8669
79.1719-4.9846-4.29797.73233.91362.6029-0.1468-0.10010.30870.3076-0.1749-0.2598-0.54570.25420.2360.3535-0.0476-0.07040.270.05630.229413.438915.8768-9.3914
84.90310.45862.06752.1312-0.10757.0715-0.1824-0.36880.00270.35110.1401-0.10790.02920.29560.13090.199-0.0099-0.03190.22260.05020.171814.00576.783-9.2199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 266 THROUGH 274 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 275 THROUGH 284 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 285 THROUGH 289 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 290 THROUGH 297 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 298 THROUGH 319 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 320 THROUGH 360 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 361 THROUGH 369 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 370 THROUGH 383 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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