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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bni | ||||||
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タイトル | pLI mutant E20C L16G Y17H, antiparallel | ||||||
要素 | GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 | ||||||
キーワード | FOUR HELIX BUNDLE / ANTIPARALLEL FOUR HELIX BUNDLE ACYL TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yadav, M.K. / Leman, L.J. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Structure-Based Engineering of Internal Cavities in Coiled-Coil Peptides 著者: Yadav, M.K. / Redman, J.E. / Leman, L.J. / Alvarez-Gutierrez, J.M. / Zhang, Y. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bni.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bni.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/2bni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/2bni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1untC 1unuC 1unvC 1unwC 1unxC 1unyC 1unzC 1uo0C 1uo1C 1uo2C 1uo3C 1uo4C 1uo5C 1w5gC 1w5iC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4100.854 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.6 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: SITTING DROP WITH 200NL 20% PEG 3350 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE AND 200NL 20MG/ML PEPTIDE STOCK IN WATER. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97 |
検出器 | 日付: 2004年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 89229 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.17 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→149.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MAPS WERE VERY SHARP AND ABA GROUPS WERE CLEAR. R FACTOR A LITTLE HIGHER THAN EXPECTED, ALTHOUGH CONSISTENT WITH OTHER STRUCTURES. SPOTS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MAPS WERE VERY SHARP AND ABA GROUPS WERE CLEAR. R FACTOR A LITTLE HIGHER THAN EXPECTED, ALTHOUGH CONSISTENT WITH OTHER STRUCTURES. SPOTS WERE A LITTLE STREAKY WITH AN ICE RING, BUT DATA ENDED UP PROCESSING WELL.THIS PEPTIDE IS AN ACTIVE AMINOACYL TRANSFERASE AND WILL HOPEFULLY BE FOUND TO HAVE SOME SORT OF BINDING AND CATALYTIC ABILITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→149.07 Å
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拘束条件 |
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