PDB-2wg5: Proteasome-Activating Nucleotidase (PAN) N-domain (57-134) from A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wg5

タイトル

Proteasome-Activating Nucleotidase (PAN) N-domain (57-134) from Archaeoglobus fulgidus fused to GCN4

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

キーワード

TRANSCRIPTION / HYDROLASE / TRANSCRIPTION HYDROLASE COMPLEX / NUCLEOTIDE-BINDING / SUBSTRATE RECOGNITION / COILED COIL / AAA PROTEIN / CHAPERONE ACTIVITY / ATPASE / OB FOLD / CYTOPLASM / PROTEASOME / ATP-BINDING AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / TRANSCRIPTION REGULATION / NUCLEUS / DNA-BINDING / ACTIVATOR / PHOSPHOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome-activating nucleotidase complex / protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / cytosolic proteasome complex / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Djuranovic, S. / Ursinus, A. / Zeth, K. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structure and Activity of the N-Terminal Substrate Recognition Domains in Proteasomal Atpases.
著者: Djuranovic, S. / Hartmann, M.D. / Habeck, M. / Ursinus, A. / Zwickl, P. / Martin, J. / Lupas, A.N. / Zeth, K.

履歴

登録	2009年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wg5_validation.pdf.gz	507.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wg5_full_validation.pdf.gz	515.4 KB	表示
XML形式データ	2wg5_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	2wg5_validation.cif.gz	57.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/2wg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/2wg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wfwSC 2wg6C 1ce9 1dgc 1gcl 1gcm 1gzl 1ihq 1ij0 1ij1 1ij2 1ij3 1kql 1ld4 1llm 1nkn 1piq 1rb4 1rb5 1rb6 1swi 1tmz 1unt 1unu 1unv 1unw 1unx 1uny 1unz 1uo0 1uo1 1uo2 1uo3 1uo4 1uo5 1w5g 1w5h 1w5i 1w5j 1w5k 1w5l 1ysa 1zii 1zij 1zik 1zil 1zim 1zta 2b1f 2b22 2bni 2cce 2ccf 2ccn 2d3e 2dgc 2zta 3k7z C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wg6-1 2wg6-2 5yga-d 3jbf-d 3tab-4 5yg8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

D: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

E: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

F: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

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H: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

I: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

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L: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

149 kDa, 12 ポリマー
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1

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

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登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.5 kDa, 6 ポリマー
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2

G: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE

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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.390, 91.950, 103.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
1	2	G
2	2	I
3	2	K
1	3	B
2	3	D
3	3	F
1	4	H
2	4	J
3	4	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 300
2	1	1	1	C	1 - 300
3	1	1	1	E	1 - 300
1	1	2	1	G	1 - 300
2	1	2	1	I	1 - 300
3	1	2	1	K	1 - 300
1	1	3	1	B	1 - 300
2	1	3	1	D	1 - 300
3	1	3	1	F	1 - 300
1	1	4	1	H	1 - 300
2	1	4	1	J	1 - 300
3	1	4	1	L	1 - 300

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PROTEASOME-ACTIVATING NUCLEOTIDASE 分子量: 12410.123 Da / 分子数: 12 断片: N-DOMAIN (57-134) FUSED TO GCN4, RESIDUES 33-56,57-134 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NATIVE COILED COIL SUBSTITUTED BY GCN4 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: O28303, EC: 3.6.4.8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FUSION PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100 MM TRIS PH 9.0, 1 M NH4H2PO4, 25% ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.071
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→34.36 Å / Num. obs: 97626 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.28 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.95
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 4.23 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WFW

2wfw

解像度: 2.1→34.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22742	4853	5 %	RANDOM
R_work	0.19753	-	-	-
obs	0.19901	92772	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.365 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8029	0	0	428	8457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	8125
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	2	11042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.229	3	13447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.563	5	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.047	25.727	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.745	15	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.065	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.112	0.2	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.21	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.308	6	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	6	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.375	9	8512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.322	12	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.533	18	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1119	tight positional	0.02	0.05
1	2	C	1119	tight positional	0.02	0.05
1	3	E	1119	tight positional	0.02	0.05
2	1	G	1134	tight positional	0.02	0.05
2	2	I	1134	tight positional	0.02	0.05
2	3	K	1134	tight positional	0.02	0.05
3	1	B	1129	tight positional	0.02	0.05
3	2	D	1129	tight positional	0.02	0.05
3	3	F	1129	tight positional	0.02	0.05
4	1	H	1096	tight positional	0.02	0.05
4	2	J	1096	tight positional	0.02	0.05
4	3	L	1096	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1119	tight thermal	0.15	0.5
1	2	C	1119	tight thermal	0.15	0.5
1	3	E	1119	tight thermal	0.14	0.5
2	1	G	1134	tight thermal	0.13	0.5
2	2	I	1134	tight thermal	0.14	0.5
2	3	K	1134	tight thermal	0.14	0.5
3	1	B	1129	tight thermal	0.15	0.5
3	2	D	1129	tight thermal	0.16	0.5
3	3	F	1129	tight thermal	0.15	0.5
4	1	H	1096	tight thermal	0.13	0.5
4	2	J	1096	tight thermal	0.14	0.5
4	3	L	1096	tight thermal	0.14	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	371	-
R_work	0.273	6825	-
obs	-	-	99.46 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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