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- PDB-5yg8: Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Pyroc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yg8
タイトルCrystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with ribulose-1,5-bisphosphate, AMP and GMP
要素Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
キーワードISOMERASE / NMP degradation pathway / Ribose-1 / 5-bisphosphate / Rossmann-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-1,5-bisphosphate isomerase / ribose 1,5-bisphosphate isomerase activity / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / pentose catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
Ribose-1,5-bisphosphate isomerase, e2b2 family / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Ribose-1,5-bisphosphate isomerase, e2b2 family / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / RIBULOSE-1,5-DIPHOSPHATE / Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gogoi, P. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT)BT/302/NE/TBP/2012 dated 07.01.2013 インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A presumed homologue of the regulatory subunits of eIF2B functions as ribose-1,5-bisphosphate isomerase in Pyrococcus horikoshii OT3.
著者: Gogoi, P. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2017年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / software / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _software.classification / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
B: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
C: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,30315
ポリマ－109,3693
非ポリマー2,93412
水4,486249
1
A: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
B: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
C: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
B: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
C: Ribose 1,5-bisphosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,60630
ポリマ－218,7386
非ポリマー5,86824
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z+1/31
Buried area32810 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area63100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.590, 98.590, 256.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Ribose 1,5-bisphosphate isomerase


分子量: 36456.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0208 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O57947, ribose-1,5-bisphosphate isomerase
#2: 糖 ChemComp-RUB / RIBULOSE-1,5-DIPHOSPHATE / リブロ-ス1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 310.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 258分子

#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.7 M NaCl, 3% PEG 6000, 25% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月27日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→85.38 Å / Num. obs: 35596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.8-2.949.90.5074.946690.9560.1690.534100
9.20.05510700.9970.0190.05999.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.53 Å85.38 Å
Translation5.53 Å85.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
Coot0.8.6モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YFJ

5yfj


解像度: 2.8→85.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.315 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 1.0137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.014 / ESU R Free: 0.315
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1705 4.8 %RANDOM
Rwork0.1552 ---
obs0.1586 33829 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.5 Å2 / Biso mean: 40.841 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20.65 Å20 Å2
2--1.31 Å2-0 Å2
3----4.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→85.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7638 0 0 249 7887
Biso mean---30.53 -
残基数----978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0197985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.751.97510834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.005318057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79624.209316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.502151453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6621545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021653
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 113 -
Rwork0.256 2472 -
all-2585 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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