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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yfs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase mutant C135S from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with ribose-1,5-bisphosphate | ||||||
![]() | Ribose 1,5-bisphosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / NMP degradation pathway / Ribose-1 / 5-bisphosphate / Rossmann-like fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribose-1,5-bisphosphate isomerase / ribose 1,5-bisphosphate isomerase activity / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / pentose catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A presumed homologue of the regulatory subunits of eIF2B functions as ribose-1,5-bisphosphate isomerase in Pyrococcus horikoshii OT3. 著者: Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5yfjSC ![]() 5yftC ![]() 5yfuC ![]() 5yfvC ![]() 5yfwC ![]() 5yfxC ![]() 5yg5C ![]() 5yg6C ![]() 5yg7C ![]() 5yg8C ![]() 5yg9C ![]() 5ygaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC![](data/chem/img/RI2.gif)
![](data/chem/img/RI2.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 36440.289 Da / 分子数: 3 / 変異: C135S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH0208 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 622分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.7 M NaCl, 3% PEG 6000, 25% MPD, 0.1% Low Melting Agarose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月3日 / 詳細: VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→85.58 Å / Num. obs: 64003 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 765831 / Scaling rejects: 238 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YFJ 解像度: 2.3→85.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.842 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.1852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.172 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.53 Å2 / Biso mean: 29.396 Å2 / Biso min: 7.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→85.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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