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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y3e | ||||||
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タイトル | Traptavidin, apo-form | ||||||
要素 | STREPTAVIDIN | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN / PROTEIN ENGINEERING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å | ||||||
データ登録者 | Chivers, C.E. / Koner, A.L. / Lowe, E.D. / Howarth, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011 タイトル: How the Biotin-Streptavidin Interaction Was Made Even Stronger: Investigation Via Crystallography and a Chimeric Tetramer. 著者: Chivers, C.E. / Koner, A.L. / Lowe, E.D. / Howarth, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y3e.cif.gz | 125.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y3e.ent.gz | 98 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y3e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.00019, 1, -0.00055), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14169.281 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-163 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: STREPTAVIDIN MUTATED TO INCREASE BIOTIN BINDING AFFINITY 由来: (組換発現) STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P22629 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 76 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 77 TO ASP ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 12% PEG 8000, 9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月6日 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -H,K,-L / Fraction: 0.497 |
反射 | 解像度: 1.45→27.47 Å / Num. obs: 51553 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SWB 解像度: 1.449→27.474 Å / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.048 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.449→27.474 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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