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- PDB-1swd: APO-CORE-STREPTAVIDIN IN COMPLEX WITH BIOTIN (TWO UNOCCUPIED BIND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1swd
タイトルAPO-CORE-STREPTAVIDIN IN COMPLEX WITH BIOTIN (TWO UNOCCUPIED BINDING SITES) AT PH 4.5
要素STREPTAVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / BIOTIN BINDING PROTEIN / BIOTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Freitag, S. / Le Trong, I. / Klumb, L. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Structural studies of the streptavidin binding loop.
著者: Freitag, S. / Le Trong, I. / Klumb, L. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E.
履歴
登録1997年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
C: STREPTAVIDIN
D: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6146
ポリマ－53,1254
非ポリマー4892
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.794, 85.191, 46.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.011383, 0.94469, 0.327767), (0.943773, -0.098158, 0.315686), (0.330398, 0.312931, -0.890456)7.9741, -15.2281, 19.3527
2given(0.0087, -0.951623, -0.307145), (-0.9512, -0.102622, 0.291009), (-0.308451, 0.289624, -0.906077)14.8709, 6.6675, 27.0845
3given(-0.999677, 0.014545, -0.020849), (0.000967, -0.797791, -0.602933), (-0.025403, -0.602758, 0.79752)23.1437, 6.8045, 2.4752
4given(-0.99973, 0.009585, -0.021154), (0.00509, -0.798281, -0.602263), (-0.02266, -0.602208, 0.798017)23.1395, 6.7858, 2.2882
5given(0.00373, -0.952459, -0.304643), (-0.952256, -0.096385, 0.289687), (-0.305278, 0.289018, -0.907345)14.7181, 7.1825, 27.0605
6given(-0.001751, 0.943835, 0.330412), (0.944904, -0.106597, 0.309505), (0.327342, 0.31275, -0.891647)7.6442, -14.8446, 19.8815

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要素

#1: タンパク質
STREPTAVIDIN / CORE STREPTAVIDIN


分子量: 13281.336 Da / 分子数: 4 / 断片: CORE, RESIDUES 13 - 139 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 4.5, COMPLEXED WITH BIOTIN
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化pH: 4.5
詳細: PROTEIN-BIOTIN COMPLEX WAS CO-CRYSTALLIZED FROM 50% MPD (2-METHYL-PENTANE-2,4-DIOLE, PH 4.5) WITH 1.2M EXCESS OF BIOTIN
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125-30 mg/mlprotein1drop
260 %MPD1drop
31.2 Mbiotin1dropexcess
450 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 25758 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 20

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-96モデル構築
X-PLORモデル構築
SHELXL-96精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
SHELXL-96位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SWA

1swa


解像度: 1.9→10 Å / Num. parameters: 15035 / Num. restraintsaints: 14993 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 2550 10 %EVERY 10TH REFLECTION
all0.209 25513 --
obs0.202 -76 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3272.3 / Occupancy sum non hydrogen: 3735.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 32 234 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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