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万見
- PDB-1sre: CRYSTALLOGRAPHIC AND THERMODYNAMIC COMPARISON OF NATURAL AND SYNT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sre
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC AND THERMODYNAMIC COMPARISON OF NATURAL AND SYNTHETIC LIGANDS BOUND TO STREPTAVIDIN
要素STREPTAVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-((4'-HYDROXYPHENYL)-AZO)BENZOIC ACID / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Weber, P.C. / Salemme, F.R.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994
タイトル: Structure-Based Design of Synthetic Azobenzene Ligands for Streptavidin
著者: Weber, P.C. / Pantoliano, M.W. / Simons, D.M. / Salemme, F.R.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Structural Origins of High-Affinity Biotin Binding to Streptavidin
著者: Weber, P.C. / Ohlendorf, D.H. / Wendoloski, J.J. / Salemme, F.R.
履歴
登録1994年2月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年10月10日Group: Other
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9624
ポリマ－25,4772
非ポリマー4842
水2,972165
1
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9248
ポリマ－50,9554
非ポリマー9694
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
2
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,84816
ポリマ－101,9108
非ポリマー1,9388
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 106.500, 47.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 STREPTAVIDIN


分子量: 12738.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-HAB / 2-((4'-HYDROXYPHENYL)-AZO)BENZOIC ACID / HABA


分子量: 242.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135-40 %satammonium sulfate1drop
240 %(v/v)MPD1drop
350 %MPD1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / Num. obs: 19376 / Num. measured all: 81351 / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROFFT精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 1.78→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
obs0.181 17650
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 36 165 1956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.026
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0130.013
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1940.194
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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