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万見
- PDB-1kl3: an engineered streptavidin with improved affinity for the strep-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kl3
タイトルan engineered streptavidin with improved affinity for the strep-tag II peptide : SAm1-StrepII
要素
  • strep-tag II peptide
  • streptavidin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / BIOTIN / PROTEIN ENGINEERING / STREP-TAG / STREPTAVIDIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Korndoerfer, I.P. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Improved affinity of engineered streptavidin for the Strep-tag II peptide is due to a fixed open conformation of the lid-like loop at the binding site.
著者: Korndorfer, I.P. / Skerra, A.
履歴
登録2001年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: streptavidin
B: streptavidin
C: streptavidin
D: streptavidin
E: strep-tag II peptide
F: strep-tag II peptide
G: strep-tag II peptide
H: strep-tag II peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2318
ポリマ－58,2318
非ポリマー00
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12500 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.699, 86.339, 47.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is one of the tetramers in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
streptavidin


分子量: 13383.561 Da / 分子数: 4 / 変異: E44V,S45T,V47R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pSA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド
strep-tag II peptide


分子量: 1174.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: The strep-tag II peptide is chemically synthesized and was selected by synthetic peptide spot assays from a subset of strep-tag derivatives.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM Na2HPO4, 1.3-M (NH4)2SO4, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1droppH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月21日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→36 Å / Num. obs: 49002 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.38 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4648 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 126949 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1SWU

1swu


解像度: 1.7→36 Å / SU B: 3.021 / SU ML: 0.101 / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 2430 5 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.1768 46287 94.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20.16 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3816 0 0 238 4054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.7731.884
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 156 -
Rwork0.41 --
obs-3228 90.34 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.7731.884
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.43 / Rfactor Rwork: 0.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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