[日本語] English
万見
- PDB-1hqq: MINIPROTEIN MP-2 (M9A) COMPLEX WITH STREPTAVIDIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqq
タイトルMINIPROTEIN MP-2 (M9A) COMPLEX WITH STREPTAVIDIN
要素
  • MP-2
  • STREPTAVIDIN
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Conformational Ensemble / mini-proteins / Disulphide constrained loops / Entropically restrained proteins / peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yang, H.W. / Liu, D.Q. / Fan, X. / White, M.A. / Fox, R.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Conformational Ensemble Analysis of Ligand Binding in Streptavidin Mini-protein Complexes
著者: Yang, H.W. / Liu, D.Q. / Fan, X. / White, M.A. / Fox, R.O.
履歴
登録2000年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STREPTAVIDIN
E: MP-2
B: STREPTAVIDIN
F: MP-2
C: STREPTAVIDIN
G: MP-2
D: STREPTAVIDIN
H: MP-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0138
ポリマ－60,0138
非ポリマー00
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13550 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.133, 89.299, 58.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
STREPTAVIDIN


分子量: 13409.466 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド
MP-2 / MINI-PROTEIN 2


分子量: 1593.852 Da / 分子数: 4 / Mutation: M9A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100 mM potassium acetate, ammonium sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月20日 / 詳細: Multilayer
放射モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20.84 Å / Num. all: 63318 / Num. obs: 163318 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.46 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Limit h max: 34 / Limit h min: -34 / Limit k max: 52 / Limit k min: -34 / Limit l max: 33 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 569614.15 / Observed criterion F min: 0.316 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2754 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high rms absF: 569571.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 6283 10.1 %shells
Rwork0.224 ---
all-65226 --
obs-62190 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 38.6719 Å2 / ksol: 0.351859 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 48.9 Å2 / Biso mean: 17.08 Å2 / Biso min: 3.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6 Å20 Å20.32 Å2
2--4.09 Å20 Å2
3----0.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
Luzzati d res high-1.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3944 0 0 172 4116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.57
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7-1.780.29174610.50.28363620.0118136708787.5
1.78-1.870.2387569.30.23966300.0098169738690.4
1.87-1.990.2267038.60.22668800.0098127758393.3
1.99-2.140.2197689.40.21870390.0088137780795.9
2.14-2.360.21982410.10.21871260.0088137795097.7
2.36-2.70.2287879.70.22872350.0088143802298.5
2.7-3.40.22584910.40.22572740.0088202812399
3.4-20.840.21285010.30.21373820.0078264823299.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る