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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4cpi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | streptavidin A86D mutant with love-hate ligand 4 | ||||||
Components | STREPTAVIDIN | ||||||
Keywords | BIOTIN BINDING PROTEIN / AVIDIN / BIOTIN / STRAIN / BIOTINYLATED / STERIC CLASH / STRAINED / HINDERED / FORCE / LIGAND SERIES / AFFINITY | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | STREPTOMYCES AVIDINII (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.54 Å | ||||||
Authors | Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem. / Year: 2014Title: Love-Hate Ligands for High Resolution Analysis of Strain in Ultra-Stable Protein/Small Molecule Interaction. Authors: Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M. | ||||||
| History |
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| Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4cpi.cif.gz | 219.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4cpi.ent.gz | 177.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4cpi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4cpi_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4cpi_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 4cpi_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4cpi_validation.cif.gz | 33.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/4cpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/4cpi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4cpeC ![]() 4cpfC ![]() 4cphC ![]() 3ry1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13325.346 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 37-163 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOMYCES AVIDINII (bacteria) / Plasmid: PET21 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-LH4 / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | N-TERMINAL METHIONINE | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: CONDITION A9 OF THE MORPHEUS SCREEN: 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 20% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 550, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 30 MM ...Details: CONDITION A9 OF THE MORPHEUS SCREEN: 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 20% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 550, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 30 MM CALCIUM CHLORIDE. SITTING DROP. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.98 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.54→39.45 Å / Num. obs: 84164 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.54→1.6 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 99.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3RY1 Resolution: 1.54→39.45 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.95 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES 46-48 ARE MODELLED STEREOCHEMICALLY DUE TO POOR DENSITY IN CHAINS A AND D. 46-48 ARE OMITTED FROM CHAINS B AND C. LH4 B1000 AND C1000 REPRESENT LH4 SHOWN WITHOUT THE AROMATIC ...Details: RESIDUES 46-48 ARE MODELLED STEREOCHEMICALLY DUE TO POOR DENSITY IN CHAINS A AND D. 46-48 ARE OMITTED FROM CHAINS B AND C. LH4 B1000 AND C1000 REPRESENT LH4 SHOWN WITHOUT THE AROMATIC HEADGROUP BECAUSE OF WEAK ELECTRON DENSITY
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 25.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.54→39.45 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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STREPTOMYCES AVIDINII (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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