PDB-5n8j: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE D-amino acid conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n8j

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE D-amino acid containing peptide GyGlanvdessG

要素

GLY-DTY-GLY-DLE-DAL-DSG-DVA-DAS-DGL-DSN-DSN-GLY
Streptavidin

キーワード

STREPTAVIDIN PEPTIDE 11101 COMPLEX / STREPTAVIDIN / BIOTIN BINDING / D-AMINO ACIDS

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Lyamichev, V. / Goodrich, L. / Sullivan, E. / Bannen, R. / Benz, J. / Albert, T. / Patel, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Stepwise Evolution Improves Identification of Diverse Peptides Binding to a Protein Target.
著者: Lyamichev, V.I. / Goodrich, L.E. / Sullivan, E.H. / Bannen, R.M. / Benz, J. / Albert, T.J. / Patel, J.J.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n8j.cif.gz	238.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n8j.ent.gz	190.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n7xC 5n89C 5n8bC 5n8eC 5n8tC 5n8wC 5n99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cpi-1 6m9b-d 4jo6-d 4cpf-1 5n99-2 4cpi-2 2izb-1 6udb-d 2izi-1 4cph-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

P: GLY-DTY-GLY-DLE-DAL-DSG-DVA-DAS-DGL-DSN-DSN-GLY

O: GLY-DTY-GLY-DLE-DAL-DSG-DVA-DAS-DGL-DSN-DSN-GLY

E: GLY-DTY-GLY-DLE-DAL-DSG-DVA-DAS-DGL-DSN-DSN-GLY

ヘテロ分子

79 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.665, 84.878, 57.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 18849.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: Polypeptide(D)	GLY-DTY-GLY-DLE-DAL-DSG-DVA-DAS-DGL-DSN-DSN-GLY 分子量: 1168.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.6 20% PEG4000 20% Isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.700002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.700002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→57.09 Å / Num. obs: 195681 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.43 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.05→1.14 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 44813 / CC_1/2: 0.388 / R_sym value: 0.64 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.05→57.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.333 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19308	10211	5 %	RANDOM
R_work	0.16861	-	-	-
obs	0.16982	195681	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	-0.26 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.05→57.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3767	0	4	689	4460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.919	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	7971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.955	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.597	23.711	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.002	15	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.681	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.801	0.86	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.799	0.86	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.029	1.294	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.029	1.294	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.931	0.954	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.931	0.954	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.092	1.385	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.287	12.293	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.287	12.295	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.236	3	7435
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.05	5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.148	5	7547

LS精密化シェル

解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	773	-
R_work	0.335	14341	-
obs	-	-	99.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3814	-0.125	-0.1156	0.4968	-0.3371	0.7594	-0.0402	-0.1369	-0.0303	0.0513	0.0892	0.0473	0.0222	-0.0629	-0.049	0.0561	0.0084	0.0132	0.0829	0.0163	0.0096	6.6786	11.3081	28.4582
2	0.5087	-0.0879	-0.0803	0.3965	-0.2711	1.0137	0.0138	0.0991	0.005	-0.0955	0.0206	0.0082	0.066	-0.0584	-0.0344	0.0626	-0.0088	0.009	0.0526	0.0018	0.0043	8.4269	18.7433	-2.0049
3	0.4158	-0.1258	-0.0028	0.5313	-0.4085	0.9571	-0.0273	-0.0707	-0.0716	-0.0913	0.0095	-0.0293	0.2164	0.0762	0.0177	0.094	0.0184	0.0175	0.0487	0.0081	0.0202	17.3193	3.2026	18.844
4	0.4872	-0.0849	-0.06	0.4025	-0.2248	0.9356	0.0191	-0.0084	0.1156	0.0317	0.0241	-0.0084	-0.1869	-0.029	-0.0433	0.0804	0.003	0.022	0.0332	-0.0014	0.0317	8.965	31.0495	9.1443
5	1.5098	-0.6046	-0.6628	0.731	0.9344	2.2844	-0.0154	-0.0808	0.1038	0.0224	0.0326	-0.0653	-0.2183	0.1992	-0.0172	0.0916	-0.0336	0.0079	0.0612	-0.011	0.0371	19.9843	31.6474	14.1702
6	0.4462	-1.0211	-0.2423	2.9577	-0.1191	0.8672	-0.0225	0.0081	-0.0456	-0.0252	0.1077	0.1977	0.0817	-0.1658	-0.0852	0.0509	-0.0034	0.0119	0.1406	0.0418	0.0314	-3.6109	11.0019	23.3151
7	0.65	-1.1073	0.0557	1.9295	0.1556	2.6143	0.0675	0.0275	-0.0579	-0.1079	-0.0143	0.1066	0.1551	-0.2229	-0.0532	0.0822	-0.0601	-0.0156	0.1473	0.0352	0.0156	-1.0441	12.099	0.1947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	15 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	5	P	1 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	6	O	4 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	3 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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