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- PDB-2p15: Crystal structure of the ER alpha ligand binding domain with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p15
タイトルCrystal structure of the ER alpha ligand binding domain with the agonist ortho-trifluoromethylphenylvinyl estradiol
要素
  • Estrogen receptor
  • GRIP peptide
キーワードHORMONE RECEPTOR / nulear receptor / ligand binding domain / helix 12
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / mammary gland branching involved in pregnancy / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / steroid hormone receptor signaling pathway / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / 14-3-3 protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / transcription corepressor binding / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / transcription coactivator binding / euchromatin / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to estrogen / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / : / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZT / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Nettles, K.W. / Greene, G.L. / Kim, Y.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2007
タイトル: Structural plasticity in the oestrogen receptor ligand-binding domain.
著者: Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Gil, G. / O'Neill, E.E. / Nowak, J. / Guo, Y. / Kim, Y. / DeSombre, E.R. / Dilis, R. / Hanson, R.N. / Joachimiak, A. / Greene, G.L.
履歴
登録2007年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: GRIP peptide
D: GRIP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8186
ポリマ－61,9334
非ポリマー8852
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.052, 84.220, 58.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29386.609 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain (residues 298-554) / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド GRIP peptide


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence can be naturally found in Homo sapiens (Human).
参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-EZT / (17BETA)-17-{(E)-2-[2-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]VINYL}ESTRA-1(10),2,4-TRIENE-3,17-DIOL / 17-[2-(トリフルオロメチル)スチリル]-17β-エストラジオ-ル


分子量: 442.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29F3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月23日 / 詳細: SI 111 MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 6.6 / 数: 186764 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.9 / D res high: 1.87 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 39661 / % possible obs: 92.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.035099.310.0491.8184.8
3.24.0399.910.0571.4555
2.793.299.810.0761.0415.1
2.542.7999.610.0990.7885.1
2.362.5499.510.1180.6315.1
2.222.3699.210.1530.6175.1
2.112.2299.210.1990.5335
2.012.1197.410.2640.5394.2
1.942.0174.410.3260.5213.7
1.871.9455.210.3950.4733
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 39661 / Num. obs: 39661 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20.061 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.738 / Num. unique all: 2369 / Rsym value: 0.395 / Χ2: 0.473 / % possible all: 55.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→27.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.303 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1871 5.1 %RANDOM
Rwork0.158 ---
all0.161 36913 --
obs0.161 36913 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.215 Å / Luzzati d res low obs: 27.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→27.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4007 0 64 461 4532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.35825779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0055536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21124.171175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.97615802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5811523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22944
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4090.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0031.52686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19424151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16431780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.144.51610
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 98 -
Rwork0.181 1917 -
obs-2015 72.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.966-3.27913.5743.4671-2.46294.89620.10840.2009-0.039-0.2578-0.1249-0.10270.12710.22860.0165-0.0091-0.01930.03710.0071-0.0411-0.0295-17.966-1.32518.541
25.9577-3.56483.05843.9804-2.00992.84420.03170.0603-0.0396-0.2544-0.0074-0.02120.2032-0.0627-0.02420.0590.00530.0221-0.00520.0007-0.034-27.816-3.82516.468
36.6296-5.34451.45812.3602-0.11542.22330.12420.081-0.45880.0144-0.09370.03070.502-0.0868-0.03060.1126-0.00060.0033-0.02430.00270.0296-26.574-16.09726.365
43.47640.59910.46254.8479-1.18081.44440.04150.03180.16140.0139-0.1107-0.1178-0.05870.1430.06920.02140.01290.00590.01250.0054-0.044-25.7383.76423.694
52.24980.96992.71877.09243.748311.625-0.13910.13690.3587-0.33560.04880.0328-0.616-0.02630.09030.08770.0187-0.0288-0.09270.0286-0.0229-28.08713.29717.164
60.61424.36-0.881230.9494-6.25491.26410.5616-0.71521.08231.169-0.09790.2907-0.8903-0.2144-0.46370.24960.10040.07350.1014-0.04140.2606-40.81714.76720.752
723.11520.52826.25934.2287-0.76861.9423-0.2791-0.20680.48290.15760.08260.074-0.3207-0.19010.19650.06940.01930.0193-0.05070.0014-0.0235-30.23211.45729.025
82.90262.27410.38996.1413-0.36821.554-0.0088-0.00320.1370.0896-0.02290.1106-0.07340.13130.03170.02850.007-0.00270.02020.0065-0.003-19.7450.26230.709
99.97946.3815-3.577413.228-2.41588.57860.44060.555-0.7388-0.0504-0.29110.12630.425-0.2081-0.14950.09140.0269-0.0204-0.0229-0.00070.0802-25.701-23.40336.421
1033.143227.64795.499825.76565.773318.33370.449-0.6327-1.21620.1703-0.333-0.83371.1966-0.1732-0.116-0.0070.0156-0.0127-0.11710.0639-0.0121-18.543-16.68536.267
114.54214.7041.435410.46421.98831.2829-0.06470.04410.0345-0.20010.0155-0.23960.02870.35350.0493-0.00960.02190.02560.07250.0420.057-8.991-1.45835.587
129.46021.43851.93473.2087-0.29043.2294-0.0087-0.12230.21840.077-0.0008-0.3091-0.13740.11340.00950.0287-0.01140.00670.0196-0.00790.0418-13.2315.22741.371
139.33570.31766.66370.840.83266.88520.0284-0.08080.01240.1006-0.0240.13070.1148-0.2007-0.00440.06080.02290.0345-0.00260.0156-0.003-34.6821.25630.861
1413.0204-11.2482-3.162112.34082.51994.89490.51490.7148-0.0763-0.5286-0.49280.788-0.1957-0.4293-0.0220.0397-0.0323-0.11190.056-0.01290.0475-43.784-2.65116.267
1510.78133.2026-2.67797.99729.084719.4172-0.188-0.2972-0.81660.1028-0.49770.39450.3273-0.87180.6857-0.0095-0.0155-0.0225-0.063-0.02440.0508-39.353-10.05423.495
1616.25486.9807-1.35123.5815-0.26012.2264-0.0915-0.53770.25790.15350.0547-0.0018-0.26680.47560.03680.0907-0.0004-0.03780.1214-0.0422-0.026-27.0283.9860.254
172.41552.86430.11695.4481-0.622.19430.1013-0.1002-0.15670.41260.05010.30360.2091-0.1744-0.15140.04170.01940.03860.0450.02780.071-52.105-10.23453.814
1811.26534.9717-3.12677.9628-1.50567.07420.4355-0.22890.46220.2339-0.0210.3001-0.5152-0.1626-0.41440.05060.01930.03070.0048-0.0034-0.0099-41.3834.16657.117
191.4070.4158-0.23094.7495-0.24631.82460.0697-0.06880.15270.15150.0054-0.042-0.27240.0737-0.07510.0577-0.00380.01940.0111-0.02280.012-34.6086.8150.495
202.91350.9627-0.00023.0970.75855.6454-0.0924-0.1403-0.41380.4857-0.05490.10220.48410.11870.14730.10360.0170.03140.00180.03220.085-39.533-15.98753.382
213.4511-3.8549-0.901913.2896-6.6956.83960.75680.3857-0.52350.1785-0.34830.87130.45030.1689-0.40850.0492-0.0497-0.030.0917-0.0490.0925-49.176-15.56443.341
2224.59621.89447.27185.02881.94974.87190.06780.2413-0.6003-0.3507-0.005-0.01990.1811-0.0356-0.06280.0705-0.02290.0236-0.0676-0.0130.0068-35.536-13.55343.372
235.4538-1.05470.444713.01761.16572.3859-0.0719-0.3908-0.5363-0.05040.1256-0.14130.19730.2341-0.05370.0320.0166-0.00510.04750.05520.0518-23.571-8.53852.706
243.5426-1.21120.28329.1538-3.5663.71250.0481-0.03130.2414-0.09960.0557-0.0049-0.1090.0791-0.10380.0326-0.02740.02250.0332-0.02510.0186-28.7835.45646.709
255.61272.057-0.061913.60042.40663.5492-0.0650.63930.8772-1.2995-0.12650.4033-0.4954-0.1350.19150.2717-0.0310.0713-0.01690.08230.0994-27.70419.44440.857
2611.0808-9.81783.154518.5769-6.40552.9087-0.0394-0.60050.24480.3738-0.0764-0.2016-0.22680.35040.1158-0.008-0.0657-0.03430.094-0.0347-0.0517-16.3184.05350.863
2714.9819-1.34823.96420.9287-1.28162.1602-0.01160.0382-0.17680.0231-0.0477-0.09810.05030.12280.05930.0366-0.00020.01690.02160.01610.0226-17.488-5.44243.722
2818.28-0.3502-2.12720.39940.15620.29460.05790.38520.1836-0.08490.04080.1526-0.0078-0.1386-0.09860.0560.0002-0.00490.03420.01670.027-46.61-2.89340.16
297.71045.0592-0.87959.56711.971712.3506-0.2688-0.2080.3232-0.195-0.00920.1643-0.288-0.42470.2779-0.06630.0086-0.0073-0.0683-0.03740.0413-49.4575.66547.663
3046.40854.650616.414817.23064.74224.6393-0.18491.19380.7934-1.23510.20450.1666-0.4167-0.3809-0.01960.0885-0.0043-0.02910.06260.014-0.0271-45.7196.95237.709
3147.4285-7.967827.189632.59993.789524.05061.47651.7677-1.6747-1.0332-0.68451.21851.45880.037-0.79210.08440.0287-0.0839-0.1252-0.1074-0.1177-29.725-17.90315.895
3233.908111.18265.790530.10539.176726.5868-0.1686-0.23172.4130.3283-0.30551.685-0.7634-1.57350.4741-0.12380.03410.0859-0.1168-0.07520.1235-44.88315.99253.376
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA306 - 33810 - 42
22AA339 - 36743 - 71
33AA368 - 38272 - 86
44AA383 - 39787 - 101
55AA398 - 411102 - 115
66AA412 - 421116 - 125
77AA422 - 435126 - 139
88AA436 - 460140 - 164
99AA461 - 471165 - 175
1010AA472 - 477176 - 181
1111AA478 - 496182 - 200
1212AA497 - 508201 - 212
1313AA509 - 526213 - 230
1414AA527 - 540231 - 244
1515AA541 - 549245 - 253
1616BB306 - 32910 - 33
1717BB330 - 35134 - 55
1818BB352 - 35956 - 63
1919BB360 - 39564 - 99
2020BB396 - 413100 - 117
2121BB414 - 421118 - 125
2222BB422 - 434126 - 138
2323BB435 - 447139 - 151
2424BB448 - 458152 - 162
2525BB459 - 474163 - 178
2626BB475 - 495179 - 199
2727BB496 - 513200 - 217
2828BB514 - 535218 - 239
2929BB536 - 544240 - 248
3030BB545 - 550249 - 254
3131CC687 - 6972 - 12
3232DD686 - 6961 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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