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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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生物種情報

和名 *1バチルス・サブティリス, 枯草菌
名称 *2Bacillus subtilis
画像 *3

枯草菌, Bacillus subtilis, Bacillus subtilis subsp. subtilis 168, Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168, Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BGSC 1A700

その他の名称 *2別称: Bacillus natto / Bacillus uniflagellatus / Vibrio subtilis / includes: Arthrobacter sp. CHR2P1B1-M / Bacillus sp. 10405 ...Arthrobacter sp. CHR2P1B1-M / Bacillus sp. 10405 / Bacillus sp. 15:2 / Bacillus sp. AECSB01 / Bacillus sp. AECSB04 / Bacillus sp. AECSB05 / Bacillus sp. AECSB06 / Bacillus sp. AECSB07 / Bacillus sp. AECSB08 / Bacillus sp. AECSB12 / Bacillus sp. AECSB13 / Bacillus sp. AECSB14 / Bacillus sp. BS4(2013) / Bacillus sp. BS9(2013) / Bacillus sp. BV3 / Bacillus sp. BV5 / Bacillus sp. HE08 / Bacillus sp. JKR21 / Bacillus sp. LB002 / Bacillus sp. LKM-BL / Bacillus sp. PW16b / Bacillus sp. PW19 / Bacillus sp. RSP-GLU / Bacillus sp. S2 BC-1 / Bacillus sp. SWI06 / Bacillus sp. UMX-03 / Brevibacillus sp. BHR3P2B5-M / その他: ATCC 6051 / ATCC 6051-U ...ATCC 6051 / ATCC 6051-U / Bacillus mesentericus / Bacillus subtilis/Bacillus globigii / BCRC 10255 / CCM 2216 / CCRC 10255 / CCRC:10255 / CCUG 163 B / CFBP 4228 / CIP 52.65 / culture-collection:NRRL:B:4219 / culture-collection:NRRL:NRS:1315 / culture-collection:NRRL:NRS:744 / culture-collection:VKM:B:501 / DSM 10 / IAM 12118 / IFO 12210 / IFO 13719 / IFO 16412 / IMET 10758 / JCM 1465 / KCTC 3135 / KCTC-3135 / KCTC:3135 / KCTC3135 / LMG 7135 / LMG:7135 / NBRC 13719 / NBRC 16412 / NCAIM B.01095 / NCCB 32009 / NCCB 53016 / NCCB 70064 / NCDO 1769 / NCIB 3610 / NCIB:3610 / NCIMB 3610 / NCTC 3610 / NRRL B-4219 / NRRL NRS-1315 / NRRL NRS-744 / PNCM 1514 / strain 168 / "Vibrio subtilis" Ehrenberg 1835 / VKM B-501
NCBI Taxonomy ID1423
系統 *2細胞生物 > バクテリア > Terrabacteria group > Bacillota > Bacilli > Bacillales > Bacillaceae > Bacillus > Bacillus subtilis group
コメントバクテリア
出典*1: DBCLSメタ用語集-翻訳用テーブル-学名と和名の対応 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
*2: NCBI Taxonomy
*3: 生物アイコン (c) ライフサイエンス統合データベースセンター licensed under CC表示2.1 日本

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EMDB エントリ (156)

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PDB エントリ (1476)

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SASBDB エントリ (1)

全1件を表示しています

SASDAQ5:
Lumazine Synthase

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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