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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1haz | ||||||
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タイトル | Snapshots of serine protease catalysis: (C) acyl-enzyme intermediate between porcine pancreatic elastase and human beta-casomorphin-7 jumped to pH 9 for 1 minute | ||||||
要素 |
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キーワード | SERINE PROTEINASE/HYDROLASE SUBSTRATE (セリン) / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) / HYDROLASE (SERINE PROTEINASE) / HYDROLASE-HYDROLASE SUBSTRATE COMPLEX / SERINE PROTEINASE-HYDROLASE SUBSTRATE COMPLEX (セリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: X-Ray Snapshots of Serine Protease Catalysis Reveal a Tetrahedral Intermediate 著者: Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of a Specific Acyl-Enzyme Complex Formed between Beta-Casomorphin-7 and Porcine Pancreatic Elastase 著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988 タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65A Resolution 著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1haz.cif.gz | 66.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1haz.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1haz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1haz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1haz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 458.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00772, EC: 3.4.21.11 |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ALA B 61, SIDE CHAIN DISORDERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.61 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 詳細: CRYSTALLISED FROM 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 25 MG/ML BCM7. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wilmouth, R.C., (1997) Nat.Struct.Biol., 4, 456. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.99 |
検出器 | タイプ: PRINCETON / 検出器: CCD / 日付: 1997年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→23.9 Å / Num. obs: 42481 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 267734 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 93.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QIX 解像度: 1.4→38.1 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THERE IS A TETRAHEDRAL OXYANIONIC LINK BETWEEN THE CARBOXYL TERMINUS OF THE BETA-CASOMORPHIN-7 PEPTIDE AND THE HYDROXYL SIDE CHAIN OF SER-195.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: STANDARD CNS / Bsol: 37 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.41 Å / Total num. of bins used: 34 /
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Xplor file |
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