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- PDB-1qgf: PORCINE PANCREATIC ELASTASE COMPLEXED WITH (3R, 4S)N-PARA-TOLUENE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qgf
タイトルPORCINE PANCREATIC ELASTASE COMPLEXED WITH (3R, 4S)N-PARA-TOLUENESULPHONYL-3-ETHYL-4-(CARBOXYLIC ACID)PYRROLIDIN-2-ONE
要素ELASTASE
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TPX / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wilmouth, R.C. / Kassamally, S. / Westwood, N.J. / Sheppard, R.J. / Claridge, T.D.W. / Wright, P.A. / Pritchard, G.J. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Mechanistic insights into the inhibition of serine proteases by monocyclic lactams.
著者: Wilmouth, R.C. / Kassamally, S. / Westwood, N.J. / Sheppard, R.J. / Claridge, T.D. / Aplin, R.T. / Wright, P.A. / Pritchard, G.J. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Inhibition of elastase by N-sulfonylaryl beta-lactams: anatomy of a stable acyl-enzyme complex.
著者: Wilmouth, R.C. / Westwood, N.J. / Anderson, K. / Brownlee, W. / Claridge, T.D. / Clifton, I.J. / Pritchard, G.J. / Aplin, R.T. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a specific acyl-enzyme complex formed between beta-casomorphin-7 and porcine pancreatic elastase.
著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of native porcine pancreatic elastase at 1.65 A resolutions.
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
履歴
登録1999年4月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3784
ポリマ－25,9281
非ポリマー4503
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.220, 57.630, 74.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ELASTASE / PPE (PORCINE PANCREATIC ELASTASE)


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TPX / (2S,3S)-3-FORMYL-2-({[(4-METHYLPHENYL)SULFONYL]AMINO}METHYL)PENTANOIC ACID


分子量: 313.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19NO5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細TPX 280: COVALENTLY ATTACHED TO SER-195 VIA AN ESTER LINKAGE BETWEEN OG OF SER-195 AND C OF THE ...TPX 280: COVALENTLY ATTACHED TO SER-195 VIA AN ESTER LINKAGE BETWEEN OG OF SER-195 AND C OF THE GAMMA-LACTAM; THE GAMMA-LACTAM IS RING-OPENED IN THE PROCESS. THE TOLUENESULPHONYL RING WAS POORLY DEFINED SO THE POSITION OF THE TOSYL RING WAS MODELLED INTO THE STRUCTURE USING THE LOCATION OXYGEN ATOMS OF THE SULPHONAMIDE AND THE ELECTRON DENSITY VISIBLE FOR THE CARBON ATOM IN THE PHENYL RING NEAREST THE SULPHUR ATOM AS A GUIDE BUT THE OCCUPANCY OF THE ATOMS WAS SET TO ZERO.
配列の詳細THE SEQUENCE USED FOR THIS STRUCTURE IS THE SAME AS THAT OF NATIVE PORCINE PANCREATIC ELASTASE (3EST).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.1 %
結晶化pH: 5
詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE, PH 5.0; THEN SOAKED IN 25 MM SODIUM SULPHATE, 50MM SODIUM ACETATE, 20 MG/ML GAMMA-LACTAM, 10% (V/V) DMSO, PH 5.0 FOR 24 HOURS, pH 5.00
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID単位一般名Crystal-IDSol-ID
1mg/mlalpha-lactam11
2mMsodium acetate11
3mMsodium sulfate11
4mg/mlPPE11
5%(v/v)DMSO11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: YALE-TYPE MIRRORS
放射モノクロメーター: NICKEL FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20.76 Å / Num. obs: 23759 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.88 % / Biso Wilson estimate: 13.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 16.82
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Mean I/σ(I) obs: 12.12 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Num. measured all: 153319
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 3EST

3est


解像度: 1.7→20.8 Å / SU B: 1.88 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: SHELX,CNS,XPLOR ALSO USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 941 4 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-23759 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.066 Å20.321 Å20 Å2
2--0 Å2-1.08 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 27 159 2002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0240.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0250.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.7472
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.3033
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.1962
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.2983
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.024
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0850.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1690.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2340.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1080.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.115
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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