+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2foe | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of porcine pancreatic elastase in 80% hexane | ||||||
Components | elastase-1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / elastase / solvent mapping / organic solvents / protein binding sites / multiple solvent crystal structures | ||||||
Function / homology | Function and homology information pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sus scrofa (pig) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Mattos, C. / Bellamacina, C.R. / Peisach, E. / Pereira, A. / Vitkup, D. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006 Title: Multiple solvent crystal structures: Probing binding sites, plasticity and hydration Authors: Mattos, C. / Bellamacina, C.R. / Peisach, E. / Pereira, A. / Vitkup, D. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2foe.cif.gz | 64 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2foe.ent.gz | 45.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2foe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/2foe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/2foe | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 2fo9C 2foaC 2fobC 2focC 2fodC 2fofC 2fogC 2fohC 1elaS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 25928.031 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Sus scrofa (pig) / Organ: Pancreas / References: UniProt: P00772, pancreatic elastase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-CA / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.11 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 15 mg/ml elastase, 25 mM Sodium Acetate, 135 mM Sodium sulfate, 10 ul drop (5x5). See also: Sawyer et al., J.Mol.Biol. 118, 137-208 (1978). , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: SIEMENS / Detector: AREA DETECTOR |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→500 Å / Num. obs: 18699 / % possible obs: 81.8 % |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1ELA Resolution: 2.2→500 Å / FOM work R set: 0.876 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Bsol: 55.496 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.366 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→500 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 34
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|