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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h1u | ||||||
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タイトル | Porcine pancreatic elastase complexed with MetPheLeuGlu at pH 5.0 | ||||||
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![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analyses on intermediates in serine protease catalysis. 著者: Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. #1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2000 タイトル: Mass spectrometry reveals elastase inhibitors from the reactive centre loop of alpha1-antitrypsin 著者: Wright, P.A. / Rostom, A.A. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2bb4C ![]() 2bd2C ![]() 2bd3C ![]() 2bd4C ![]() 2bd5C ![]() 2bd7C ![]() 2bd8C ![]() 2bd9C ![]() 2bdaC ![]() 2bdbC ![]() 2bdcC ![]() 3estS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 538.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25mm sodium sulphate, 25mm sodium acetate (ph 5.0), 25mg/ml PPE, 17.5mg/ml MFLE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 127 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月10日 / 詳細: OSMIC mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→45.45 Å / Num. obs: 27749 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3793 / % possible all: 91.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EST 解像度: 1.6→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.583 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.611 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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