+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ykm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with a Difluoromethylbenzoxazole (DFMB) Pyrimidine Thioether derivative, a non-nucleoside RT inhibitor (NNRTI) | ||||||
要素 | (REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Boyer, J. / Arnoult, E. / Medebielle, M. / Guillemont, J. / Unge, T. / Unge, J. / Jochmans, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011 タイトル: Difluoromethylbenzoxazole Pyrimidine Thioether Derivatives: A Novel Class of Potent Non-Nucleoside HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitors. 著者: Boyer, J. / Arnoult, E. / Medebielle, M. / Guillemont, J. / Unge, J. / Jochmans, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ykm.cif.gz | 214 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ykm.ent.gz | 171.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ykm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ykm_validation.pdf.gz | 798.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2ykm_full_validation.pdf.gz | 834.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ykm_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ykm_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/2ykm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/2ykm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64780.230 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 600-1156 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 600-1027 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
#3: 化合物 | ChemComp-YKN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月11日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0379 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20.75 Å / Num. obs: 36314 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: REVERSE TRANSCRIPTASE 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 17.96 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|