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万見
- PDB-2x89: Structure of the Beta2_microglobulin involved in amyloidogenesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x89
タイトルStructure of the Beta2_microglobulin involved in amyloidogenesis
要素
  • ANTIBODY
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / blood microparticle / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
R2 protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種CAMELUS DROMEDARIUS (ヒトコブラクダ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Domanska, K. / Srinivasan, V. / Vanderhaegen, S. / Pardon, E. / Marquez, J.A. / Bellotti, V. / Wyns, L. / Steyaert, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Atomic Structure of a Nanobody-Trapped Domain-Swapped Dimer of an Amyloidogenic {Beta}2-Microglobulin Variant.
著者: Domanska, K. / Vanderhaegen, S. / Srinivasan, V. / Pardon, E. / Dupeux, F. / Marquez, J.A. / Giorgetti, S. / Stoppini, M. / Wyns, L. / Bellotti, V. / Steyaert, J.
履歴
登録2010年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY
B: ANTIBODY
C: ANTIBODY
D: BETA-2-MICROGLOBULIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: BETA-2-MICROGLOBULIN
G: BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1027
ポリマ－87,1027
非ポリマー00
水5,314295
1
F: BETA-2-MICROGLOBULIN
G: BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3072
ポリマ－22,3072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-11.6 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
2
D: BETA-2-MICROGLOBULIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3072
ポリマ－22,3072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-10.6 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
3
C: ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1631
ポリマ－14,1631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1631
ポリマ－14,1631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1631
ポリマ－14,1631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.490, 100.864, 83.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12D
22E
32F
42G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A95 - 220
2114B95 - 220
3114C95 - 220
1124D1 - 92
2124E1 - 92
3124F1 - 92
4124G1 - 92

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 ANTIBODY


分子量: 14162.595 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAMELUS DROMEDARIUS (ヒトコブラクダ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A2KD59*PLUS
#2: タンパク質
BETA-2-MICROGLOBULIN / BETA-2-MICROGLOBULIN FORM PI 5.3


分子量: 11153.478 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 27-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 6%PEG4000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NA-ACETEATE PH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97812
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→20 Å / Num. obs: 66127 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1BMG

1bmg


解像度: 2.16→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.727 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT IS DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26691 3356 5.1 %RANDOM
Rwork0.23813 ---
obs0.23962 62741 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5930 0 0 295 6225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0226078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4391.9338226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.845735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27123.625309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.96515985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.781544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1870.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.22794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.23956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4821.53792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26925899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.67832702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5964.52327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A974medium positional0.430.5
12B974medium positional0.610.5
13C974medium positional0.410.5
21D672medium positional1.320.5
22E672medium positional1.510.5
23F672medium positional1.190.5
24G672medium positional1.370.5
11A974medium thermal2.232
12B974medium thermal2.092
13C974medium thermal2.272
21D672medium thermal1.972
22E672medium thermal2.082
23F672medium thermal2.212
24G672medium thermal2.232
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.215 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 216 -
Rwork0.269 4562 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.02791.0529-1.29642.5568-0.81821.97270.13510.12230.3975-0.1184-0.04010.1939-0.1895-0.2109-0.095-0.2350.00910.0082-0.2469-0.0029-0.2336-67.824718.30466.6027
23.11110.6746-1.40723.3466-2.22653.75380.02670.2415-0.06-0.04130.04770.08630.2038-0.2467-0.0743-0.31280.0094-0.0055-0.3256-0.0193-0.3015-33.1805-5.265419.2975
32.5541-0.11961.06261.59140.22785.97060.0276-0.0349-0.3027-0.03590.0610.03540.5604-0.0167-0.0886-0.24860.02530.0349-0.32750.0131-0.2599-32.33672.5009-44.2155
41.2732-0.319-0.68441.2346-1.95595.93680.0951-0.21610.049-0.0216-0.0187-0.2374-0.0650.4987-0.0763-0.2763-0.03-0.0036-0.15740.0347-0.1379-40.70713.4972-4.8917
50.3420.0119-0.60621.565-1.19473.77960.1249-0.14880.16880.05040.06810.0521-0.11920.0901-0.193-0.19640.00780.0093-0.2662-0.044-0.2359-39.93420.8889-22.2631
62.31971.4266-0.03091.63470.3724.2338-0.02530.31870.1339-0.32540.2494-0.1578-0.16170.3897-0.2241-0.2208-0.00910.016-0.22010.0333-0.2161-11.38385.49252.3181
71.0058-0.0829-0.09070.06150.74469.94050.12050.30620.2385-0.02850.1114-0.0256-0.6295-0.0463-0.2319-0.10110.0149-0.0122-0.12610.0518-0.0751-14.00423.2311-16.8882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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