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万見
- PDB-2xpg: Crystal structure of a MHC class I-peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xpg
タイトルCrystal structure of a MHC class I-peptide complex
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-3 ALPHA CHAIN
  • MYELIN PROTEOLIPID PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / AUTOIMMUNITY / MULTIPLE SCLEROSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of calcium ion transmembrane transport / structural constituent of myelin sheath / axon ensheathment / central nervous system myelination / astrocyte development / integrin alphav-beta3 complex / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / long-chain fatty acid biosynthetic process / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...positive regulation of calcium ion transmembrane transport / structural constituent of myelin sheath / axon ensheathment / central nervous system myelination / astrocyte development / integrin alphav-beta3 complex / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / long-chain fatty acid biosynthetic process / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / axon development / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / substantia nigra development / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / myelin sheath / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / Amyloid fiber formation
類似検索 - 分子機能
Myelin proteolipid protein PLP / Myelin proteolipid protein PLP, conserved site / Myelin proteolipid protein (PLP or lipophilin) / Myelin proteolipid protein signature 1. / Myelin proteolipid protein signature 2. / Myelin proteolipid protein (PLP or lipophilin) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Myelin proteolipid protein PLP / Myelin proteolipid protein PLP, conserved site / Myelin proteolipid protein (PLP or lipophilin) / Myelin proteolipid protein signature 1. / Myelin proteolipid protein signature 2. / Myelin proteolipid protein (PLP or lipophilin) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Myelin proteolipid protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者McMahon, R.M. / Friis, L. / Siebold, C. / Friese, M.A. / Fugger, L. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of Hla-A0301 in Complex with a Peptide of Proteolipid Protein: Insights Into the Role of Hla-A Alleles in Susceptibility to Multiple Sclerosis
著者: Mcmahon, R.M. / Friis, L. / Siebold, C. / Friese, M.A. / Fugger, L. / Jones, E.Y.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-3 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: MYELIN PROTEOLIPID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3343
ポリマ－44,3343
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-16.6 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.140, 65.550, 107.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-3 ALPHA CHAIN / HLA-A3 / MHC CLASS I ANTIGEN A*3


分子量: 31628.838 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P04439
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / HLA-A3


分子量: 11574.885 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA2-MICROGLOBULIN FORM PI 5.3, RESIDUES 22-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド MYELIN PROTEOLIPID PROTEIN / PLP PEPTIDE / PLP / LIPOPHILIN


分子量: 1130.333 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 45-53 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P60201
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M BIS-TRIS-PROPANE, PH 8.0, 0.2 M NA/K PHOSPHATE, 20% (V/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9699
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 14030 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUZ

1duz


解像度: 2.6→19.75 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 694 5 %
Rwork0.19 --
obs0.193 13957 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.3 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8684 Å20 Å20 Å2
2--8.9522 Å20 Å2
3----2.0838 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3108 0 0 16 3124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7184330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0521170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80020.36771170.27282622X-RAY DIFFRACTION100
2.8002-3.08110.31011460.23422586X-RAY DIFFRACTION100
3.0811-3.52470.27491570.19342614X-RAY DIFFRACTION100
3.5247-4.43250.21091500.16382645X-RAY DIFFRACTION100
4.4325-19.75130.19871240.16892796X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40830.12170.21251.0286-0.17270.1774-0.0221-0.0337-0.07550.09030.0391-0.0051-0.0663-0.138-0.00840.03790.0248-0.00090.05520.0002-0.005911.2798-4.566-11.3491
20.3374-0.1351-0.00550.0962-0.11020.39040.0151-0.04620.18960.0107-0.0617-0.0916-0.030.02140.04090.0788-0.01020.0150.091-0.00420.172743.5927-10.9477-23.5697
30.4121-0.33980.18330.4754-0.12960.28620.13440.0235-0.0203-0.1264-0.07760.0342-0.0564-0.0327-0.02930.07040.0417-0.00580.04670.00330.015823.6352-10.1987-34.8551
40.2195-0.330.16730.5578-0.3030.1712-0.1554-0.20340.01410.14840.1651-0.0266-0.0838-0.0871-0.00830.23560.0926-0.08450.23330.00440.17975.0371-3.0578-6.7923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:181)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 182:274)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 2:98)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN C AND (RESID 1:9)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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