PDB-2ve6: Crystal structure of a Murine MHC class I H2-Db molecule in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ve6

タイトル

Crystal structure of a Murine MHC class I H2-Db molecule in complex with a photocleavable peptide

要素

BETA-2-MICROGLOBULIN
H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN
SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PHOTOCLEAVABLE PEPTIDE / AUXILIARY ANCHORING RESIDUE / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / PEPTIDE LOADING / IMMUNE RESPONSE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MHC / SEV9 / MHC I / MEMBRANE / SECRETED

機能・相同性

機能・相同性情報

Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

SENDAI VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Grotenbreg, G.M. / Roan, N.R. / Guillen, E. / Meijers, R. / Wang, J.H. / Bell, G.W. / Starnbach, M.N. / Ploegh, H.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Discovery of Cd8+ T Cell Epitopes in Chlamydia Trachomatis Infection Through Use of Caged Class I Mhc Tetramers.
著者: Grotenbreg, G.M. / Roan, N.R. / Guillen, E. / Meijers, R. / Wang, J.H. / Bell, G.W. / Starnbach, M.N. / Ploegh, H.L.

履歴

登録	2007年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1wbxS 1bii 1bqh 1bz9 1cd1 1ce6 1ddh 1ffn 1ffo 1ffp 1fg2 1fo0 1fzj 1fzk 1fzm 1fzo 1g6r 1g7p 1g7q 1hoc 1inq 1jpf 1jpg 1juf 1k8d 1kbg 1kj2 1kj3 1kpu 1kpv 1l6q 1ld9 1ldp 1leg 1lek 1lk2 1mhc 1mwa 1n3n 1n59 1n5a 1nam 1nan 1nez 1osz 1p1z 1p4l 1pqz 1qlf 1qo3 1rjy 1rjz 1rk0 1rk1 1s7q 1s7r 1s7s 1s7t 1s7u 1s7v 1s7w 1s7x 1t0m 1t0n 1u58 1vac 1vad 1wby 1wbz 1yn6 1yn7 1z5l 1zhb 1zhn 1zt1 1zt7 2akr 2cii 2ckb 2clv 2clz 2f74 2fwo 2mha 2vaa 2vab S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cch-4 6vb7-d 3tby-1 1kjm-d 3cc5-2 1fg2-2 4prb-d 2qrs-2 4l3c-1 1n5a-4 1zhb-4 5e8p-1 6l9n-4 1fg2-1 1ktl-2 3ch1-1 6gb5-2 4l8d-2 3l3h-d 3bzf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (10) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (10) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (10)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (10)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

B: BETA-2-MICROGLOBULIN

C: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

D: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

E: BETA-2-MICROGLOBULIN

F: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

G: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

H: BETA-2-MICROGLOBULIN

I: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

J: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

K: BETA-2-MICROGLOBULIN

L: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

180 kDa, 12 ポリマー
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1

A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

B: BETA-2-MICROGLOBULIN

C: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

E: BETA-2-MICROGLOBULIN

F: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

H: BETA-2-MICROGLOBULIN

I: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

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4

J: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN

K: BETA-2-MICROGLOBULIN

L: SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7

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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.240, 103.870, 168.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	G
4	1	J
1	2	B
2	2	E
3	2	H
4	2	K
1	3	C
2	3	F
3	3	I
4	3	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	4 - 272	4 - 272
2	1	SER	SER	LEU	LEU	D	D	4 - 272	4 - 272
3	1	SER	SER	LEU	LEU	G	G	4 - 272	4 - 272
4	1	SER	SER	LEU	LEU	J	J	4 - 272	4 - 272
1	2	THR	THR	TYR	TYR	B	B	4 - 94	4 - 94
2	2	THR	THR	TYR	TYR	E	E	4 - 94	4 - 94
3	2	THR	THR	TYR	TYR	H	H	4 - 94	4 - 94
4	2	THR	THR	TYR	TYR	K	K	4 - 94	4 - 94
1	3	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	1 - 9	1 - 9
2	3	PHE	PHE	LEU	LEU	F	F	1 - 9	1 - 9
3	3	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	1 - 9	1 - 9
4	3	PHE	PHE	LEU	LEU	L	L	1 - 9	1 - 9

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN D-B ALPHA CHAIN / MHC CLASS I MOLECULE / H-2D(B) 分子量: 32184.816 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 25-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: BL21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質	BETA-2-MICROGLOBULIN / B2M MICROGLOBULIN 分子量: 11678.388 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 22-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: BL21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド	SENDAI VIRUS EPITOPE RESIDUES 324-332 MODIFIED AT P7 分子量: 1044.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3-AMINO-3-(2-NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P7 / 由来: (合成) SENDAI VIRUS (ウイルス)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	3-AMINO-3-(2-NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID (PRQ): PHOTOCLEAVABLE

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE USING THE HANGING-DROP, VAPOR-DIFFUSION METHOD WITH A WELL SOLUTION OF 15% (W/V) PEG 8000, 0.05 M K/NA PHOSPHATE, 50-100 MM BETA-OCTYL-GLUCOPYRANOSIDE ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE USING THE HANGING-DROP, VAPOR-DIFFUSION METHOD WITH A WELL SOLUTION OF 15% (W/V) PEG 8000, 0.05 M K/NA PHOSPHATE, 50-100 MM BETA-OCTYL-GLUCOPYRANOSIDE AND 0.1 M CACODYLATE AT PH 6.4.

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE USING THE HANGING-DROP, VAPOR-DIFFUSION METHOD WITH A WELL SOLUTION OF 15% (W/V) PEG 8000, 0.05 M K/NA PHOSPHATE, 50-100 MM BETA-OCTYL-GLUCOPYRANOSIDE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.07
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 50561 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WBX

1wbx

解像度: 2.65→19.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 34.083 / SU ML: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	2558	5.1 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.237	48002	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0.92 Å²
2-	-	2.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12628	0	0	173	12801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	13110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.895	1.942	17796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	3.003	21857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.136	5	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.274	23.55	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.541	15	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.842	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	14619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	8994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	6006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	7124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.116	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.139	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.214	1.5	10034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.231	2	12433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.242	3	6580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.372	4.5	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1568	medium positional	0.37	0.5
1	2	D	1568	medium positional	0.5	0.5
1	3	G	1568	medium positional	0.47	0.5
1	4	J	1568	medium positional	0.33	0.5
2	1	B	529	medium positional	0.22	0.5
2	2	E	529	medium positional	0.28	0.5
2	3	H	529	medium positional	0.27	0.5
2	4	K	529	medium positional	0.23	0.5
3	1	C	44	medium positional	0.13	0.5
3	2	F	44	medium positional	0.14	0.5
3	3	I	44	medium positional	0.22	0.5
3	4	L	44	medium positional	0.15	0.5
1	1	A	2164	loose positional	0.73	5
1	2	D	2164	loose positional	0.89	5
1	3	G	2164	loose positional	0.88	5
1	4	J	2164	loose positional	0.72	5
2	1	B	728	loose positional	0.74	5
2	2	E	728	loose positional	0.9	5
2	3	H	728	loose positional	0.69	5
2	4	K	728	loose positional	0.64	5
3	1	C	80	loose positional	0.51	5
3	2	F	80	loose positional	0.37	5
3	3	I	80	loose positional	0.55	5
3	4	L	80	loose positional	0.53	5
1	1	A	1568	medium thermal	2.88
1	2	D	1568	medium thermal	3.2
1	3	G	1568	medium thermal	3.57
1	4	J	1568	medium thermal	3.4
2	1	B	529	medium thermal	2.51
2	2	E	529	medium thermal	3.76
2	3	H	529	medium thermal	4.79
2	4	K	529	medium thermal	2.56
3	1	C	44	medium thermal	13.02
3	2	F	44	medium thermal	14.27
3	3	I	44	medium thermal	12.64
3	4	L	44	medium thermal	14.62
1	1	A	2164	loose thermal	2.77
1	2	D	2164	loose thermal	3.16
1	3	G	2164	loose thermal	3.55
1	4	J	2164	loose thermal	3.39
2	1	B	728	loose thermal	2.51
2	2	E	728	loose thermal	3.81
2	3	H	728	loose thermal	4.79
2	4	K	728	loose thermal	2.65
3	1	C	80	loose thermal	12.8
3	2	F	80	loose thermal	14.34
3	3	I	80	loose thermal	12.45
3	4	L	80	loose thermal	14.66

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.35	167
R_work	0.339	3293

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5899	-0.4754	1.3969	1.1528	0.1422	2.3454	0.0168	-0.164	-0.2212	0.0119	-0.0632	0.1851	-0.0181	-0.3024	0.0463	-0.2841	-0.0112	0.0737	-0.3053	-0.0442	-0.1545	2.508	-11.987	17.804
2	7.7268	-3.7232	-0.8884	4.5793	0.7045	1.615	0.0066	0.0693	0.3137	0.0209	0.0366	0.1313	-0.2377	0.0954	-0.0433	-0.2379	-0.0298	0.0403	-0.3522	0.0046	-0.2379	-5.955	5.892	22.038
3	11.7006	6.2516	-1.1348	5.2873	-1.3977	0.4317	0.0737	0.4026	-0.8215	0.022	0.4135	-0.2058	0.3937	-0.2096	-0.4872	-0.035	-0.0874	0.062	-0.0349	0.0155	-0.007	16.927	-21.462	29.066
4	1.4897	-0.3534	0.7539	0.933	-0.5741	1.4213	-0.0517	-0.0503	0.0524	-0.0753	0.0296	0.0427	-0.0196	-0.0815	0.0222	-0.2242	0.0334	0.0269	-0.2614	-0.068	-0.1862	-11.773	-6.545	-22.224
5	6.6766	-3.6814	0.3751	6.8626	-2.4458	2.2774	-0.1259	0.251	0.43	-0.1499	0.0776	-0.1039	0.0709	-0.1374	0.0484	-0.2619	-0.0526	-0.0481	-0.2758	-0.0526	-0.2197	6.105	-11.307	-27.385
6	10.7734	3.6523	-0.328	30.6841	0.513	0.0232	-0.7658	-0.5475	0.5667	1.1411	1.2279	2.2274	-0.5063	-0.0688	-0.4621	0.0057	0.0588	-0.0173	0.0194	-0.1012	0.0263	-26.21	1.512	-34.27
7	2.1489	-0.2017	-1.5266	1.5715	1.2064	5.19	-0.0454	-0.7925	-0.0765	0.1255	0.1369	-0.265	-0.0492	0.0383	-0.0915	0.1549	0.0717	-0.1076	0.3506	0.0461	-0.0748	-24.982	-11.195	62.563
8	12.3441	-8.5742	-3.6757	10.8821	5.954	7.5021	0.0971	0.2785	0.0376	-0.5596	-0.1269	0.0481	-0.7268	0.0102	0.0299	0.0848	-0.0466	0.0901	0.5907	-0.0703	-0.0526	-42.416	-6.413	57.138
9	10.6037	12.3865	-1.2292	91.5523	26.9354	18.0756	-0.4244	-0.0963	-0.5322	-0.3655	1.4521	-3.0819	0.696	1.329	-1.0278	-0.0002	0.001	0.0006	-0.0011	0.004	0.0005	-10.407	-18.455	49.749
10	3.1149	0.1517	-1.5486	1.1038	-0.4869	3.581	0.2146	-0.5103	-0.061	-0.1524	-0.091	0.2395	-0.0497	-0.1292	-0.1237	0.4803	-0.2169	-0.0595	0.2186	-0.0471	-0.0706	-13.857	44.213	66.41
11	3.6231	1.5133	-0.8084	6.4152	1.0813	3.2613	0.1238	-0.1331	-0.9743	-0.1024	-0.3356	0.3939	0.3512	-0.2065	0.2118	0.7106	-0.2634	-0.1775	0.1792	0.0947	0.2724	-18.09	24.437	63.053
12	26.737	-8.5238	-0.5255	6.613	3.9439	23.6878	0.9807	1.2033	2.5131	0.1709	-1.3766	-0.5635	-0.2782	1.129	0.3958	0.016	-0.0448	-0.0289	0.0138	0.0029	0.0029	-0.799	55.344	55.037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 9
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 276
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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