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- PDB-1zt7: crystal structure of class I MHC H-2Kk in complex with a nonapeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zt7
タイトルcrystal structure of class I MHC H-2Kk in complex with a nonapeptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain
  • SV40 epitope, SEFLLEKRI
キーワードIMMUNE SYSTEM / peptide binding groove
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kellenberger, C. / Roussel, A. / Malissen, B.
引用
ジャーナル: J Immunol. / 年: 2005
タイトル: The H-2Kk MHC peptide-binding groove anchors the backbone of an octameric antigenic peptide in an unprecedented mode.
著者: Kellenberger, C. / Roussel, A. / Malissen, B.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Expression, refolding, crystallization and preliminary crystallographic study of MHC H-2Kk complexed with octapeptides and nonapeptides
著者: Kellenberger, C. / Porciero, S. / Roussel, A.
履歴
登録2005年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
P: SV40 epitope, SEFLLEKRI
Q: SV40 epitope, SEFLLEKRI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4006
ポリマ－90,4006
非ポリマー00
水2,630146
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: SV40 epitope, SEFLLEKRI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2003
ポリマ－45,2003
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: SV40 epitope, SEFLLEKRI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2003
ポリマ－45,2003
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.135, 72.628, 88.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.24, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13B
23D
14P
24Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYASNASNAA1 - 1762 - 177
21GLYGLYASNASNCC1 - 1762 - 177
12THRTHRGLUGLUAA182 - 275183 - 276
22THRTHRGLUGLUCC182 - 275183 - 276
13ILEILEMETMETBB1 - 992 - 100
23ILEILEMETMETDD1 - 992 - 100
14SERSERILEILEPE1 - 91 - 9
24SERSERILEILEQF1 - 91 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain / class I mouse MHC H-2Kk heavy chain / H- 2KK


分子量: 32228.023 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 0-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04223
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド SV40 epitope, SEFLLEKRI


分子量: 1136.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized. This sequence occurs naturally in simian virus
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月30日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 18302 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rsym value: 0.158
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique all: 937 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the complex between H-2Kk and the octapeptide HA(259-266)

解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.776 / SU B: 24.345 / SU ML: 0.461 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.601 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31074 866 4.8 %RANDOM
Rwork0.23094 ---
all0.23474 ---
obs0.23474 17330 89.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å20.68 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6334 0 0 146 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0216524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.9318860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.835313134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0745760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.26838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.24007
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2210.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1851.53832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.35926202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64632692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0694.52658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1035tight positional0.020.05
2A551tight positional0.020.05
3B582tight positional0.010.05
4P53tight positional0.020.05
1A1716medium positional0.230.5
2A901medium positional0.140.5
3B963medium positional0.190.5
4P107medium positional0.180.5
1A1035tight thermal0.030.5
2A551tight thermal0.030.5
3B582tight thermal0.020.5
4P53tight thermal0.030.5
1A1716medium thermal0.22
2A901medium thermal0.122
3B963medium thermal0.112
4P107medium thermal0.172
LS精密化 シェル解像度: 3→3.075 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.374 51
Rwork0.267 1131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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