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- PDB-6at9: Crystal structure of an anaplastic lymphoma kinase-derived neurob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6at9
タイトルCrystal structure of an anaplastic lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen bound to the Human Major Histocompatibility Complex Class I molecule HLA-A*0101
要素
  • ALK
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / lymphoma kinase-derived neuroblastoma tumor antigen / Human Major Histocompatibility Complex Class I / MHC-I / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / regulation of neuron differentiation / positive regulation of dendrite development / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / Signaling by ALK / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / phosphorylation / CD8 receptor binding / response to stress / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / adult behavior / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / detection of bacterium / T cell receptor binding / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / energy homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / : / : / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / hippocampus development / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / placental growth factor receptor activity / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / T cell mediated cytotoxicity / receptor protein-tyrosine kinase / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane
類似検索 - 分子機能
: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily ...: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9503 Å
データ登録者Toor, J. / Rao, A.A. / Salama, S. / Tripathi, S. / Haussler, D. / Sgourakis, N.G.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: A Recurrent Mutation in Anaplastic Lymphoma Kinase with Distinct Neoepitope Conformations.
著者: Toor, J.S. / Rao, A.A. / McShan, A.C. / Yarmarkovich, M. / Nerli, S. / Yamaguchi, K. / Madejska, A.A. / Nguyen, S. / Tripathi, S. / Maris, J.M. / Salama, S.R. / Haussler, D. / Sgourakis, N.G.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ALK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6983
ポリマ－45,6983
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.410, 81.410, 118.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain / MHC class I antigen A*1


分子量: 32567.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド ALK


分子量: 1250.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM73*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.18M MgCl2, 0.1M Na-HEPES(7.5),27%PEG400, 10%Glycerol
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→45.31 Å / Num. obs: 9982 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1590 / CC1/2: 0.876 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W72

1w72


解像度: 2.9503→45.31 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 1014 10.18 %
Rwork0.2241 --
obs0.2324 9956 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9503→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3153 0 0 0 3153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.724394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9481921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9503-3.10580.43541390.28881245X-RAY DIFFRACTION99
3.1058-3.30040.36061420.28631246X-RAY DIFFRACTION99
3.3004-3.55510.32471430.25471262X-RAY DIFFRACTION100
3.5551-3.91270.34031400.23471268X-RAY DIFFRACTION100
3.9127-4.47840.33631440.20791270X-RAY DIFFRACTION100
4.4784-5.64060.26971500.19611286X-RAY DIFFRACTION100
5.6406-45.31550.26311560.21161365X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09560.03150.03030.27430.18910.3889-0.22330.20880.62460.6511-0.0926-0.1214-0.50970.1651-0.16250.7209-0.025-0.13280.2550.06580.435767.851456.4837130.4896
20.0912-0.03740.02610.1005-0.0480.1527-0.2639-0.0480.010.2227-0.0426-0.2899-0.33270.0315-0.06910.402-0.05170.07120.52760.18920.679965.172351.7724118.5624
30.0618-0.081-0.13820.13360.13450.1779-0.02090.2225-0.0284-0.2827-0.0958-0.061-0.1948-0.0227-0.03350.3259-0.0559-0.09880.3980.16260.419663.406557.2068110.467
40.2848-0.03130.1694-0.00110.02760.96220.03680.34580.36930.1381-0.5468-0.57290.32450.6559-0.64620.0355-0.1256-0.3570.47380.18760.794882.318432.4591127.7026
50.1012-0.05210.03710.1022-0.0250.07010.25730.1485-0.19710.1038-0.4145-0.17340.04040.19730.00130.38310.0663-0.16750.46620.03040.642280.666421.4464124.7278
60.18470.09270.19160.14230.03390.23820.18260.0918-0.12620.3415-0.041-0.29020.1133-0.11970.06970.5185-0.1779-0.22460.47310.30460.128268.868531.9336135.9429
70.11-0.09050.05640.0987-0.08490.04270.2265-0.0405-0.09320.4014-0.0061-0.26020.20740.08260.02330.7386-0.1135-0.08150.53910.04120.321664.633536.4589141.6499
80.04810.0355-0.00720.05960.00680.0242-0.02450.0670.107-0.02120.03940.0686-0.03030.0298-0.00240.5294-0.05970.06350.28030.00450.333965.633344.1854125.6526
90.8023-0.079-0.32990.0902-0.1390.48310.16660.08020.21810.1843-0.08150.00070.1444-0.14820.21530.9938-0.0139-0.57810.18060.2614-0.189670.314232.5567143.8223
100.03670.10250.05840.23090.10820.0490.13840.1716-0.06720.4368-0.0185-0.12010.0533-0.26610.12640.65570.05370.0780.48110.21620.281856.279232.2075138.1257
110.1067-0.03160.09890.3805-0.03530.1420.21320.1264-0.06490.40160.3771-0.21480.2448-0.07640.06010.9074-0.0383-0.13220.5050.06870.396668.06324.0076139.6947
120.07840.01640.01940.52170.49070.4772-0.0702-0.03920.07150.36720.2892-0.3598-0.14840.05210.05690.79840.01810.05160.72520.25610.483164.970363.0126120.0258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 162 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 274 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 19 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 61 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 62 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 78 through 90 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 99 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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